חודש מרץ של שנת 2002, אמצע האינתיפאדה השנייה, נודע כחודש "מרץ השחור". היה זה חודש עמוס פיגועים, כמותם לא ידעה ישראל שנים ארוכות. בשטחים נרצחו באותו החודש למעלה מ-30 חיילים ואזרחים ישראלים ובתוך תחומי הקו הירוק בוצעו 11 פיגועי התאבדות, בהם נרצחו 81 ישראלים.
בנוסף, מחבלים ממרחב בית לחם השתלטו על בתי בכפר בית ג'אלה הסמוך לירושלים ומידי יום ירו על בתי השכונה הדרומית גילה באש קלה ואף באש מרגמות. פיגוע ההתאבדות הקשה ביותר התרחש ב-27 במרץ במלון פארק בנתניה, כאשר באמצע ליל הסדר מחבל מתאבד התפוצץ בחדר האוכל של בית המלון - אירוע בו נרצחו 30 אזרחים ישראלים. יום לאחר הפיגוע, החליטה הממשלה על יציאה למבצע "חומת מגן".
"הפקודות הן ברורות", אמר ראש הממשלה אריאל שרון. "להיכנס לערים ולכפרים שהפכו מקלט לטרוריסטים, לתפוס ולעצור את המחבלים ואת נותני חסותם, לפגוע בכל מי שיאחז בנשק, לשתק כל מי שינסה להתנגד לפעולת הכוחות או לסכן אותם ולהימנע מפגיעה באוכלוסייה אזרחית". במוצאי החג, ה-28 במרץ, החליטה הממשלה על גיוס אלפי חיילי מילואים (הגיוס הגדול ביותר מאז מבצע "שלום הגליל") ויציאה למבצע גדול בכל ערי הגדה. כל שרי הממשלה, למעט שמעון פרס ומתן וילנאי שנמנעו, תמכו ביציאה למבצע.
1. רמאללה ושכם
2. הקרב הקשה בג'נין
3. המרחב הכפרי
4. חילוקי הדעות
רמאללה ושכם
המבצע החל בבוקר ה-29 במרץ, בפלישה לרמאללה, בה שוכן מרכז השלטון של הרשות הפלסטינית. כוחות צה"ל הטילו מצור על מתחם המוקטעה, בו ישבו יאסר ערפאת ובכירי שלטונו אשר הופלו במתן חסות לפעולות טרור נגד אזרחים וחיילים ישראלים. חלק מבנייני המתחם נהרסו ואילו ערפאת הסתגר בלשכתו, יחד עם כמה מעוזריו, שהוגדרו כמבוקשים על ידי צה"ל. לאחר מצור ממושך ובהתערבות האמריקנים, הסכים ערפאת להסגיר את המבוקשים ואילו הוא עצמו פונה מהמתחם. במהלך המבצע נתפסו ברמאללה מחבלים רבים, ביניהם גם מפקד התנזים מרואן ברגותי ובמיקומים שונים בעיר נתפסו אמצעי לחימה רבים ומגוונים ששימשו לפעולות טרור.
עיר נוספת, שנחשבה לעוינת ביותר, הייתה שכם. בעיר שהו למעלה מ-8,000 חמושים פלסטינים ובקסבה שלה התפתח קרב מסובך. המעבר בשטח הקסבה הצפוף היה קשה, ונעשה דרך קירות ממש, תוך שימוש בחומרי נפץ ובפטישים. שלוש חטיבות – הצנחנים, גולני ויפתח, השתתפו בכיבוש העיר ומחנות הפליטים הסמוכים לה בלאטה, עסכר ומסכאן. יותר מ-70 מחבלים נהרגו במהלך הקרב, ואילו צה"ל איבד את קצין הצנחנים אסף אסולין, שנהרג מאש כוחותינו, לאחר שזוהה בטעות כחמוש פלסטיני.
במזרח העיר ניהלה חטיבת השריון יפתח, שהיתה חטיבת מילואים מגויסת, קרב קשה. החטיבה נתקלה בעשרות מטענים שהונחו על צירי התנועה וספגה ירי של צלפים. למרות זאת לא עצרה החטיבה את תנועתה והצליחה להשמיד את רוב מקורות הירי ולכבוש גם את מתחם קבר יוסף.
קרב קשה בג'נין
הקרב הקשה ביותר במבצע התרחש במחנה הפליטים בג'נין, שהיה ממולכד כולו במטעני חבלה (על פי דיווחים שונים מספרם של המטענים עמד על כ-15 אלף). כוחות צה"ל נכנסו לעיר ב-2 באפריל וניהלו לחימה עיקשת מבית לבית, בסיוע כוחות שריון וכלי הנדסה כבדים כגון דחפורי D9. צה"ל התקשה מאד בהתקדמות בתוך מחנה הפליטים, בעיקר בשל הצורך לנטרל מטעני חבלה.
ב-9 באפריל, יומו השביעי של המבצע, התרחש בג'נין הקרב הקשה ביותר בו. חיילי מילואים מגדוד נחשון, בפיקודו של עודד גולומב, נתקלו במארב של פלסטינים, ששהו בתוך בתים ממולכדים. הכוח נכנס לחצר בניין, שם הופעלו נגדו מספר מטענים ונפתחה לעברו אש. הכוח, שמצא את עצמו במצור, נלחם בחירוף נפש על מנת לצאת מחצר הבניין ו-13 לוחמים נהרגו. חלק מהחיילים שלחמו בקרב זה זכו מאוחר יותר לצל"ש.
ביומיים שלאחר הקרב החלו הפלסטינים לגלות סימני החלשות, בעיקר בשל האבדות הרבות בנפש והמעבר של צה"ל להפלת בניינים שגרם להרס גדול בשטח מחנה הפליטים של העיר. במהלך הפעולות נתפסו או נהרגו גם בכירים רבים מקרב ארגוני הטרור. אחד מהם, מוחמד טואלבה, שהיה בכיר בג'יהאד האיסלאמי, שנהרג לאחר שדחפור מוטט עליו את קיר הבית שבו התחבא. ב-12 באפריל, לאחר שראו כי אינם יכולים לטקטיקת הריסת הבתים של צה"ל, החליטו המחבלים בג'נין להיכנע והקרבות בעיר תמו.
לאחר הקרבות, בעיקר בשל סגירת העיר לתקשורת והשימוש בטקטיקת הרס הבתים, נפוצו שמועות על טבח ועל הפרת זכויות אדם בג'נין. הפלסטינים טענו כי יש בעיר כ-3,000 הרוגים ושר ההסברה יאסר עבד רבו אף האשים את ישראל בחפירת קברי אחים בתחומי העיר. לאחר המבצע פורסמו תחקירים בעיתונות הזרה ועל ידי ארגוני זכויות אדם ששללו את הטענות לטבח, אולם במהלך המבצע לא פקפקה התקשורת בטענות הללו ואף דיווחה עליהן בהרחבה.
לחימה בכל השטחים
גם בבית לחם התחולל במהלך המבצע אירוע קשה. כוחות צה"ל נכנסו לעיר ועצרו מבוקשים רבים, אולם קבוצה של 39 מבוקשים חמושים, שבראשה עמד הקולונל עבדאללה דאוד, ראש המודיעין הפלסטיני בעיר, התבצרה בכנסיית המולד תוך שהיא לוקחת כ-200 אזרחים (בהם ילדים) ו-46 כמרים כבני ערובה. צה"ל לא ניסה לכבוש את המתחם ולאחר שבועות ארוכים, בהם נעשו נסיונות להתיש את החוטפים שהתבצרו בכנסייה, הושג הסכם לפיו יגורשו לעזה 26 מהחוטפים שהיו מבוקשים זוטרים ו-13 המבוקשים הבכירים יוגלו לחו"ל. ב-23 במאי בוצע ההסכם ובני הערובה שוחררו.
צה"ל פעל במבצע גם בערים טול כרם, קלקיליה ויריחו. טול כרם הותקפה על ידי חיל האוויר, שהרס את בניין המשטרה הבריטית בו התבצרו המחבלים. העיר נכבשה לאחר מכן בצורה מהירה על יד כוח צנחנים מחטיבת המילואים 55, שהמשיך וכבש בקלות יחסית גם את העיירה קבטיה, שנחשבה לפני כן ליעד עוין ביותר. את קלקיליה ויריחו כבש צה"ל כמעט ללא אש.
מבצע שנוי במחלוקת
למבצע חומת מגן שהסתיים רשמית ב-10 במאי, היו תוצאות שנויות במחלוקת. ישראל הצליחה לבלום את גל הטרור, לעצור אלפי מבוקשים ולהנחית מכה קשה על הרשות הפלסטינית ועל ארגוני הטרור, אולם דעת הקהל העולמית לא אהדה, בלשון המעטה, את המבצע.
ראש ממשלת ספרד, חוסה מריה אסנר, אמר באו"ם כי תיבת הדואר האלקטרוני שלו הוצפה במהלך המבצע בתלונות על פעולותיה של ישראל. "גם לי יש אי-מייל ומעניין שלא מצאתי בו ולו הודעה אחת אחרי שקברנו את הקשישה בת ה-92 מנתניה שנהרגה בפיגוע בליל הסדר", השיב לו ראש הממשלה שרון. "אם אני צריך להחליט בין הקשיים שיש לכם בדעת הקהל באירופה ואי הנוחות של שליטי מדינות באזור לבין הצורך למנוע את ההרג היומיומי, זה לא לוקח לי יותר משנייה להחליט". את המבצע המוצלח שהביא לתקופת שקט ארוכה מאוד בארץ לאחר מכן, ביכם שרון בכנסת במילים הבאות: "מבצע חומת מגן היה שלב חשוב וחיוני במאבק למיגור תשתיות הטרור. מלחמת חורמה למיגור הטרור בכל מקום שבו הוא נמצא".