לפני שבע עשרה שנה, נשלחה יחידת מילואים אל עומק לבנון לפעולה חשאית נגד מבוקש בכיר של ארגון טרור. הפעולה נכשלה ובמהלך החילוץ, שלושה חיילים, נמרוד קליין, אורי זך ועמיאל בן חורין נשארו מאחור ונשבו. הלילה, לאחר שנים של מגעים מאחורי הקלעים, בעסקת חילופי שבויים, הבנים חוזרים הביתה. שניים חוזרים בחיים, אחד בארון. זה סיפורם.

הסדרה "חטופים" מתחילה עם שיבתם של שני חיילי צה"ל אשר שהו בשבי 17 שנה. במהלך היעדרותם הפכו לסמלים לאומיים ציונים. סטיקרים עם שמותיהם, דגלים עם תמונתיהם מעטרים את רחובות ישראל. הסדרה בוחנת את התמודדותם עם הכניסה מחדש לחברה הישראלית ברמה הלאומית וברמה האישית. מאנשים שבילו את היום-יום שלהם במאבק לשרוד בחדרון קטן אי שם, לדמויות ציבוריות מפורסמות שלעולם לא יעמדו בציפיות ובמיתוס שנוצר סביבם.

ברמה האישית, התמודדות עם מערכות יחסים שנקטעו שנים קודם לכן, עם נשותיהם שהמשיכו או לא המשיכו בחייהן, ילדים שהם לא מכירים, הורים שכבר אינם בחיים, חברים שהגשימו חלומות וחיו חיים שלמים בתקופת היעדרותם וגם התמודדות זה עם זה אחרי שבשבע עשרה שנים האחרונות היו כל מה שהכירו.

במקביל להתמודדויות עם האנשים שסובבים אותם, לאורך הסדרה השניים עוברים סדרת חקירות אצל פסיכולוג צבאי שמנסה למצוץ כל פיסת אינפורמציה על הצד השני ועל החוויה שהם עברו בשבי, זאת בניגוד לצורך החזק של השניים לשכוח את שהיה. מהר מאד מתברר שמשהו בסיפורם של השניים אינו כשורה, גרסותיהם שונות ועל כן מתחילה חקירה סמויה נגדם שמנסה לברר מי בדיוק השניים ומה מניעם.