ככל שצה"ל העמיק את הכניסה לשטחים הסורים והאחיזה בשטח, מורגשת מחאה גוברת מצד אזרחים סורים וככל הנראה גם קבוצות של מורדים, משרידי המרד שהחל בשנת 2011 בסוריה. בשלב זה מדובר במחאות קטנות יחסית, אבל החשש הוא שהאיראנים ינצלו את מה שנראה כמו התחלה של הסלמה, כדי לייצר חזית נוספת נגד כוחות צה"ל, שמצדו מנסה להתמודד עם התופעה על ידי הידברות עם נכבדי הכפרים.
בצה"ל יש כבר מי שמדברים על חשש לאירועים קשים יותר, כמו ירי ומטענים שיופעלו נגד הכוחות שפועלים בשטח הסורי. ההערכה שהסיכוי שזה יקרה גובר, ככל שישראל תישאר זמן ארוך יותר בשטח. נזכיר כפי שפרסמנו לאחרונה, כולל אחרי ביקור של mako אצל הכוחות בסוריה, שאין טווח זמן מוגדר למשימה וחלק מהמפקדים גם דיברו על אפשרות שהייה של שנה ויותר.
אומנם המורדים שהפילו את משטרו של אסד עדיין לא ירדו דרומה, שם פועלים כוחות צה"ל, ובנוסף גם דאגו לגרש את האיראנים וחיזבאללה. אבל ההערכה היא שלא מעט מהאיראנים או התומכים שלהם עדיין נמצאים שם, ואלה עלולים לנסות לגייס את תושבי דרום סוריה כדי להקים ארגון או חוליות שיפעלו נגד כוחות צה"ל, שמתבססים במוצבים ועמדות בשטח הסורי.
בישראל גם נשמעת ביקורת על אופן הפעילות של צה"ל בשטח הסורי. גם מי שהיה בעד הפעולה, אומר שהפעולה נכנסה עמוק מדי לסוריה ואף עלולה לייצר עימות עם המשטר החדש בדמשק, שמצדו כבר הבטיח לעמוד בהסכמי הפסקת האש מ-1974 וכאמור, פעל לסלק את האיראנים וחיזבאללה משטחה של סוריה.
בתחילת הפעולה של צה"ל נטען שהכוחות תפסו קווים קדמיים במרחב החיץ כדי לבלום כל אפשרות של מתקפה על יישובי הגולן בצד הסורי, ובזמן הזה לבצע פעולות הנדסיות שישפרו את ההגנה של צה"ל ברמת הגולן.
אבל בניגוד להודעות שהיו בימים הראשונים, צה"ל כך על פי דיווחים ערביים שונים בימים האחרונים, התקדם גם מעבר למרחב החיץ, שגם הוא שטח ריבוני סורי. החשש הוא שהמהלך הזה יגרום לפעולות של ארגוני טרור סונים נגד כוחות צה"ל. גם כאן יש חשש למעורבות של האיראנים, שכבר הראו שבמלחמה נגד ישראל, אין להם כשיעים שום בעיה לשתף פעולה גם עם ארגונים סונים.