גורמים בצה"ל אמרו הבוקר (ראשון) כי ששת החטופים כרמל גת, עדן ירושלמי, הירש גולדברג-פולין, אלכסנדר לובנוב, אלמוג סרוסי ורס"ר אורי דנינו זכרם לברכה, שגופותיהם הושבו הלילה לישראל, נרצחו בידי מחבלי חמאס, כאשר כוחות הצבא התקרבו למנהרה. ההערכה בצה"ל היא שההוצאה להורג של החטופים הייתה בימים האחרונים. במכון לרפואה משפטית מנתחים את גופותיהם, שאותרו עם סימני ירי, כדי לדעת מה מועד הרצח המדויק.
בצה"ל הדגישו הבוקר שלא התנהל קרב במקום ולא בוצע ירי של הכוחות בתוך המנהרה. אבל ידעו לומר שכוחות אוגדה 162 היו מעל למנהרה ובקרבתה במהלך הלחימה. באוגדה ובשב"כ ידעו להצביע על מרחבים מסוימים ברפיח כמקומות שעל פי החשד יש בהם חטופים, כולל החטופים שגופותיהם הוחזרו הלילה לישראל, אבל לא ידעו להצביע על המיקום המדויק.
זאת הסיבה שלכוחות ניתנו הנחיות לפעול בזהירות ובמקרים רבים, צוותי הקרב של האוגדה יחד עם יחידות מיוחדות לא הכניסו חומרי נפץ למנהרות ופירים שגילו, כדי שלא להסתכן בפגיעה בחטופים, מה שבמקרה הנוכחי לא הועיל.
בצה"ל מעריכים שמחבלי חמאס נמלטו מהמנהרה זמן קצר לפני שהכוחות הגיעו לשם, אחרי שרצחו את החטופים. ראש הממשלה בנימין נתניהו פרסם לפני זמן קצר: "לא נרפה, נמשיך לחתור לעסקה שתחזיר את כל חטופינו. מי שרוצח חטופים - לא רוצה עסקה. אני אומר למחבלי החמאס שרצחו את חטופינו ואני אומר למנהיגיהם - דמכם בראשכם".
מי שהוגדר כ"גורם ישראלי" תדרך הבוקר שארבעה מהחטופים היו אמורים להשתחרר בעסקה במסגרת המשא ומתן מול חמאס, שתי נשים - כרמל גת ועדן ירושלמי, והירש גולדברג פולין בגלל פציעתו הקשה בידו שהובילה לקטיעתה, וכך גם אלמוג סרוסי גם כן בגלל פציעתו מ-7 באוקטובר.
שר הביטחון גלנט פרסם הצהרה משלו הבוקר, וכתב: "הקבינט המדיני-ביטחוני חייב להתכנס באופן מיידי ולהפוך את ההחלטה שהתקבלה ביום חמישי. זה מאוחר עבור החטופים שנרצחו בדם קר. חייבים להשיב הביתה את החטופים שנותרו בשבי החמאס. מדינת ישראל תבוא חשבון עם כל ראשי ומרצחי החמאס, עד האחרון שבהם".