צה"ל, ששולט ברוב חלקי העיר ח'אן יונס שבדרום רצועת עזה אחרי קרבות קשים של חודשיים, נאלץ לפעול שוב בזהירות קפדנית בבית החולים נאצר שבעיר, שאותו הפך חמאס למתחם טרור ולמחסה עבור מחבלים. לאחר שכיתר ותפס בשטח בית החולים תחמושת רבה ועשרות מחבלים, כולל כאלה שהשתתפו בטבח שבעה באוקטובר, מפעיל הצבא יחידות עילית שיעצרו את המחבלים הרבים שנמצאים שם, מבלי שהדבר יפגע בפעילות הרפואית השוטפת.
צה"ל פועל בבית החולים עם כוחות משייטת 13, חטיבת הקומנדו ויחידות מיוחדות נוספות, כאשר הבחירה בהן נעשתה בשל היכולת שלהן לנהל לחימה כירורגית, שנדרשה במקרה הזה, עקב רגישות המתקן וכחלק מהלקחים מבית החולים שיפא שבצפון הרצועה, שם פעל צה"ל בתחילת התמרון הקרקעי.
במסגרת פעילות כוחות צה"ל בבית החולים, נמצאו ארגזי תרופות ועליהם שמות של חטופים ישראלים. חבילות התרופות שאותרו היו סגורות ולא הועברו לחטופים. צה"ל מדגיש כי הכניסה לבית החולים אירעה לאחר אזהרה מוקדמת להפסקת פעילות הטרור בבית החולים, וכי הסריקות בוצעו תוך הקפדה על המשך ניהול שוטף של בית החולים, ללא פגיעה בחולים ובצוות הרפואי ובהתאם לערכי צה"ל והדין הבינלאומי.
טרם הכניסה טענו הפלסטינים שהם התבקשו להתפנות משטח בית החולים ב-14 בפברואר. אולם, דובר צה"ל תא"ל דניאל הגרי דחה את הטענה ואמר כי "הדגשנו שאין חובה לחולים או לצוות לפנות את בית החולים. עם זאת, קראנו לעזתים אחרים, בערבית, בטלפון וברמקולים, להתרחק מהסכנה שחמאס מכניס אותם אליה - דרך מסדרון הומניטרי שפתחנו לשם כך". תוך כדי הפעילות של הכוחות המיוחדים בבית החולים, הכניס לשם צה"ל ציוד רפואי וגנרטורים כדי לוודא את המשך הפעילות הרפואית.
הפעילות של חמאס בבית החולים הייתה מוכרת לצה"ל. עוד לפני הכניסה לשם זוהו במרחב בית החולים משגרי רקטות. המודיעין הצביע במדויק על הימצאות מחסני אמל"ח ומחבלים רבים בבית החולים, כולל רבים שהשתתפו בטבח שבעה באוקטובר ונלכדו שם. עוד יודעים להגיד בצה"ל שחטופים ישראלים הוחזקו בבית החולים נאצר שבח'אן יונס. מה שהביא, לצד דברים נוספים, לחקירה של מנהל בית החולים במקום. אולם בניגוד לפרסומים, הוא לא נעצר על ידי צה"ל - נעצרו חלק מאנשי הצוות הרפואי, בהם גם רופאים, הנחקרים על ידי שב"כ.
בישראל פועלים בכפפות של משי בבית החולים נאצר. שימוש של ארגון הטרור חמאס בבתי חולים לפעילות טרור, הוא דפוס פעולה מוכר ברחבי רצועת עזה. על פי תא"ל הגרי: "חמאס משתמש באופן שיטתי בבתי חולים כמוקדי טרור. על פי הערכות מודיעיניות ומידע שאספנו בשטח, למעלה מ-85 אחוז מהמתקנים הרפואיים הגדולים בעזה שימשו את חמאס לפעולות טרור".
כדי להתמודד עם האתגר של פעילות במתקן רפואי, בצה"ל אומרים כי הם מרכזים את העברת הציוד הרפואי ויש להם רופאים ודוברי ערבית בקרב קציני צה"ל בבית החולים במהלך המבצע. בנוסף, צה"ל צבר ניסיון רב בפעולות בבתי חולים בעזה, שבכולם הייתה תשתית ופעילות טרור.
בתחילת נובמבר, חיסל צה"ל את אחמד סיאם, מפקד חמאס שניסה להשתמש במגנים אנושיים בבית החולים רנתיסי שבצפון עזה. בדצמבר מצא צה"ל עדויות לבני ערובה המוחזקים בבית החולים האינדונזי שבצפון עזה. בנוסף נמצאו שם אמצעי לחימה רבים, פירי מנהרות ועוד, בעוד שבבית החולים שיפא חשף צה"ל מנהרות אסטרטגיות, אמצעי לחימה רבים ועוד.
מניסיון העבר, נראה שהלחימה בבית החולים מסמנת את סיום הקרב על ח'אן יונס, נכון לשלב ההתקפה; בכל בתי החולים שבהם פעל צה"ל לפני כן, זה היה השלב האחרון של ההתקפה, כלומר שמרו את היעד הזה לסוף ואז עברו לשלב שמכנים בצבא "פשיטות". אם זה נכון גם לח'אן יונס, נראה שההתקפה שם בשלביה האחרונים, אז יעברו לפשיטות, והעיניים יהיו נשואות אל רפיח ופילדלפי, שם נותרו עדיין גדודי מחבלים ומנהרות שלא פורקו והושמדו.