בתום 10 ימים של מצוד עיקש, כוחות הביטחון הצליחו להגיע הלילה (בין ראשון לשני) למחבל שחטף ורצח את הנער בנימין אחימאיר על רקע לאומני. המחבל שחטף את הנער בן ה-14 אותר במרחב בנימין, אחמד דואבשה בן 21, נעצר ונלקח לחקירה בשב"כ.
במבצע המורכב שבו פשטו כוחות הביטחון על הכפר דומא, השתתפו לוחמי ימ"מ ואנשי שב"כ שפעלו בשיתוף לוחמים מגדוד 9208 של חטיבת הנגב.
גופתו של אחימאיר ז"ל אותרה ביום שבת 13 באפריל, יממה בלבד לאחר שהוגדר כנעדר, בתום חיפושים נרחבים במרחב בנימין. דובר צה"ל הדגיש כי הוא "נרצח בפיגוע טרור וציין שמתבצע מרדף אחר החשודים". רה"מ נתניהו פרסם הודעה חריגה בשבת והתחייב: "נגיע אל הרוצחים וסייעניהם".
עם פרסום ההודעה על איתור גופת הנער, התעוררו עימותים אלימים בין מתנחלים לפלסטינים בכפר הסמוך דומא. כוחות הביטחון פעלו במקום, ובצה"ל עדכנו כי הוציאו את כלל המתנחלים מהכפר. במסגרת העימותים הפלסטינים דיווחו על בתים שהוצתו.
