יחידות הקומנדו הימי השונות מגבירות את השימוש שלהן באופנועי ים. יחידת העילית "אריות הים" של צבא ארצות הברית מפעילה ככל הידוע שלושה סוגים של אופנועי ים אבל הם ממש לא לבד.
הכלי הזה הפך אהוב מאוד גם על הכוח הימי במשמרות המהפכה של איראן. הערכה היא שאיראן מפעילה עשרות אופנועי ים כחלק מצי גדול של מאות סירות זריזות וקלות הפועלות כלהקות תקיפה מהירות.
אופנועי הים נראו לצד אותן סירות בשלל פעולות טרור שיוחסו לאיראנים בגזרת המפרץ הפרסי הנפיצה. הפרסומים האחרונים בארה"ב התייחסו לאפשרות של עימות ימי במפרץ בין אופנועי יחידות הקומנדו של שני הצצדים.
הכוחות המיוחדים התאהבו בכלים הקטנים כשפרצה המלחמה העולמית בטרור אחרי פיגועי ה-11 בספטמבר. בעוד שהיחידות המיוחדות של צבא היבשה רכשו כמויות גדולות של טרקטורונים עליהם רכבו בשדות הקרב של אפגניסטן ועיראק, הצי האמריקאי רכש עבור היחידות המיוחדות שלו מספר גבוה של אופנועי ים.
מהתמונות שהותרו לפרסום ניתן לראות שאלה פועלים במגוון רחב של משימות כשעליהם 2, 3 לוחמים. וחלק אף חומשו במקלעים קלים ועוד כמה מערכות לא מזוהות.
יחידת אריות הים מפעילה ככל הידוע שלושה סוגים של אופנועי ים, בעיקר דגם ה-FX HO 1800 של חברת ימאהה. מדובר באופנוע ים בעל יכולת תמרון מהירה ומדויקת בזכות מערכת ששמה טרים (Q.S.T.S) הנחשבת לקלה לתפעול. ככל הידוע הכלי הזה עבר מספר התאמות לדרישת היחידה.