אלרגיה לחלבון חלב פרה היא בין אלרגיות המזון השכיחות ביותר בגיל הינקות, כשבעשורים האחרונים עולה שכיחות אלרגיה למזון בכלל, ואלרגיה לחלבון חלב פרה בפרט. לאחרונה הוציא האיגוד הישראלי לאלרגיה ואימונולוגיה קלינית נייר עמדה המבוסס על מחקרים רפואיים בנושא הזנת ילודים בימים הראשונים שלאחר הלידה, ועל פיו תמ"ל חלבי בימיו הראשונים של התינוק עלול להגביר את הסיכון לאלרגיה לחלב בגיל מאוחר יותר.

אומנם אלרגיה לחלבון חלב פרה חולפת בדרך כלל בשנות החיים הראשונות (ב-70%-60% מהמקרים), אולם השלכותיה הבריאותיות משמעותיות, הן במקרים שחולפים בגיל צעיר, ובוודאי באלו שנשארים אלרגיים בגיל ההתבגרות והבגרות. בין היתר, אלרגיה כזו עלולה להוביל לחסרים תזונתיים בשנות הגדילה וההתפתחות, שעלולים להתבטא בפגיעה במימוש פוטנציאל הגובה בגיל הבגרות ובירידה בצפיפות העצם. בנוסף, היא הגורם למספר הגדול ביותר של תגובות קטלניות בישראל עקב התקפים אנפילקטים (התקפי אלרגיה חריפים מסכני חיים).

מחקר שנערך לאחרונה בארץ מצא כי 55% אחוזים מהתינוקות קיבלו תוספת של תמ"ל חלבי לאחר הלידה בנוסף להנקה. במקביל, מחקרים אחרים הראו כי תינוקות שניזונו מתמ"ל חלבי והנקה בימיהם הראשונים פיתחו אלרגיה לחלב בשיעור גבוה יותר מתינוקות שניזונו מהנקה בלבד מהלידה, או בשילוב של הנקה ותמ"ל באופן קבוע. לאור מחקרים הללו ההמלצה היא להימנע מתוספת זמנית של תמ"ל חלבי בשבוע הראשון לאחר הלידה, כדי למנוע התפתחות של אלרגיה לחלב. עם זאת הרופאים לא ציינו מהם התחליפים המומלצים לאימהות שאינן מסוגלות להניק.  

ההמלצות כיום הן להתחיל חשיפה למזונות אלרגניים (דוגמת בוטנים וביצה), החל מגיל 4-6 חודשים. חשיפה מוקדמת ועקבית למזונות אלה, כלומר הכנסת המזון באופן קבוע לכלכלת התינוק, ללא הפסקות ממושכות, מאפשרת מניעה ראשונית של אלרגיה לאותם מזונות. המקרה של חלב שונה, הן משום שלא ברור מהו הגיל והתדירות האופטימליים לחשיפה לתמ"ל חלבי כדי למנוע התפתחות של אלרגיה לחלב, והן לאור היתרונות הבריאותיים שבהנקה.

בשנים האחרונות התפתחו, הן בעולם והן בישראל, טיפולי דה-סנסיטיזציה לאלרגיה למזון. אולם בעוד יעילותם לחלק גדול מהמזונות גבוהה, הרי שאלרגיה לחלבון חלב פרה נחשבת לקשה יותר לטיפול. לאור ההשלכות הבריאותיות, הסיכון לתגובה קשה, וכן לאור הפגיעה באיכות החיים, קיימת חשיבות למניעה ראשונית של אלרגיה לחלבון הפרה.