אחת האפליקציות הכי מעניינות שפותחו לאייפון היא זאת שמודדת כמה קרינה פולט המכשיר הסלולרי. אבל את האפליקציה - פיתוח ישראלי של חברת "טוק און" - לא יכולים בעלי אייפון להוריד. חברת אפל חסמה אותם.
מאז הושקה חנות ה"אפסטור" של אפל הועלו לאפסטור מעל 140 אלף אפליקציות שפותחו על ידי אנשים וחברות. תוכנות קטנות שמאפשרות לגשת לאתר או מידע מסוים, או שנועדו לבדר ולשעשע. יותר מ-3 מיליארד הורדות נרשמו עד כה בחנות שמנוהלת על ידי אפל.
האפליקציה של טוק און הצטרפה לעוד אלפי אפליקציות אחרות שאפל פסלה. בקרוב יושק האייפאד, ולקראת ההשקה הקשיחה אפל את מדיניותה עוד יותר: 5,000 אפליקציות נדחו על רקע תוכן מיני - אפילו אם היה מדובר בדוגמניות בבגד ים. גם אפליקציות שמטרתן סטירית - כמו זו הלועגת לג'ורג' בוש - נפסלו.
יש גם הטוענים שאפל משתמשת בשליטה שלה למטרות פוליטיות ועסקיות: למשל, אפל דחתה אפליקציה של גוגל לביצוע שיחות טלפון על גבי האינטרנט, "Google Voice". כעת נחקרת אפל בחשד להתנהגות לא תחרותית.
בינתיים, צצות אלטרנטיבות: מי שמחזיקים באייפון פרוץ יכולים לגשת לחנות אפליקציות אלטרנטיבית ששמה "Cydia". גם גוגל, סמסונג ונוקיה מפתחות חנויות אפליקציות מתחרות.