חודשיים אחרי פתיחת העונה, קפטן בני יהודה החליט לעזוב את ישראל כדי "לנקות את הראש", לדבריו. אלא שהיום (שלישי) פרסמנו ב"מהדורה המרכזית" כי בכירים בעולם הכדורגל חוששים שהשחקן נמלט על רקע סכסוך ענק בין שתי משפחות פשע.
אותם גורמים המעורים בפרטים סיפרו כי שמו של עטר קשור בסכסוך הגדול ביותר בעולם הפשע, בין משפחת מוסלי למשפחת חייא. זאת בשל היותו של עטר מקורב מאוד לערן חייא ולאחיו. החלטתו של קפטן בני יהודה לעזוב באמצע העונה נחשבת מהלך לא מקובל בעולם הכדורגל, אך בקבוצה החליטו לאשר את בקשתו למרות חריגותה.
"אפשרנו לאלירן עטר לטוס לחו"ל, ושיחזור עם ראש נקי וצלול עקב בעיות אישיות", אמר בעלי הקבוצה משה דמאיו בשיחה עם ערוץ הספורט. "אני מאמין שהוא יחזור במהרה לישראל ויצטרף לקבוצה אחרי שינקה את הראש". עוד אמר הבעלים כי אינו חושש מפגיעה מקצועית בכשירות הקבוצה: "אנחנו בתקופה טובה והקבוצה עכשיו מצוינת. נוכל להתגבר על חסרונו של אלירן עטר".
ואכן בני יהודה, שמשחקת בליגה הלאומית, פתחה את העונה בהצלחה. אחרי שישה מחזורים בליגה הלאומית, היא מדורגת במקום השני עם 13 נקודות מתוך 18 - אחת פחות מהמוליכה הפועל רמת השרון. עטר, שמשמש קפטן הקבוצה, כבש ברצף בשני המשחקים האחרונים ובישל שער נוסף לפני כן.
בדצמבר 2006 הורשעו עטר ונתן דגן בשני אישומים של קשירת קשר לביצוע פשע ובסיוע לשוד, ובאישום נוסף של קשירת קשר לביצוע עוון וסיוע לגנבה – לאחר שהיה מעורב בשלושה אירועים של חטיפת תיקים מנשים בתל אביב וברמת גן. הוא נידון לשישה חודשי מאסר (אותם ריצה בעבודות שירות), -12 חודשי מאסר על תנאי, לקנס של 5,000 שקל ולמתן פיצוי בסך 2,500 שקלים לכל אחת מקורבנותיו. בעקבות זאת ספג במגרשים קריאות גנאי רבות.