כהונתו של יואב גלנט במשרד בביטחון הגיעה הערב (שלישי) אל סיומה לאחר שראש הממשלה בנימין נתניהו פיטר אותו. בשנתיים בהן עמד בראש מערכת הביטחון ידעה מערכת היחסים של גלנט ונתניהו עליות ובעיקר מורדות, כאשר ראש הממשלה התכוון לפטר את גלנט פעמיים בעבר. מהמינוי החגיגי, דרך ההתכתשויות סביב המהפכה המשפטית וחוק הגיוס, ועד הפיטורים הדרמטיים - כך נראתה כהונתו של גלנט.
ההיכרות בין נתניהו לגלנט ארוכת שנים, ונתניהו התכוון למנות את גלנט לרמטכ"ל עוד ב-2010. גלנט מונה לשר הביטחון במסגרת הקמת הממשלה החדשה בסוף שנת 2022, והודה לנתניהו על המינוי: "תודתי לראש הממשלה המיועד בנימין נתניהו על האמון ועל הזכות לכהן כשר הביטחון הבא של מדינת ישראל. שנים רבות הכנתי את עצמי לתפקיד החשוב הזה - הגנה על ביטחון מדינת ישראל וחיי אזרחיה".
אך מערכת היחסים בין נתניהו וגלנט התדרדרה במהירות. רק כ-4 חודשים לאחר מינויו, גלנט הביע התנגדות תקיפה למהפכה המשפטית, ובנאום דרמטי הבהיר שלא יתמוך בקידומה: "ביטחונה של מדינת ישראל הוא משימת חיי. אני מוכן להסתכן ולשלם מחיר. אני רואה כיצד מקור עוצמתנו הולך ונשחק. כשר הביטחון של מדינת ישראל אני אומר בצורה הברורה ביותר, השסע ההולך ונפער בחברה חודר לצה"ל וגופי הביטחון. זו סכנה ברורה, מיידית ומוחשית לביטחון המדינה. לדבר הזה לא אתן את ידי".
יממה בלבד לאחר שגלנט הודיע על התנגדותו למהפכה המשפטית, נתניהו הודיע לו על פיטוריו. ראש הממשלה נאלץ לחזור בו מהחלטתו לאחר מחאות ענק שפרצו עוד באותו הלילה, וכשבוע מאוחר יותר הוא נכנע ללחץ והודיע שגלנט יישאר בתפקידו.
המתחים בין גלנט לנתניהו המשיכו לבעבע גם לאחר 7 באוקטובר ותוך ניהול משותף של המלחמה. בחודש מאי גלנט ביקר בפומבי את נתניהו על היעדר חזון מדיני בעזה ועל חוסר נכונותו לדון בסוגיית "היום שאחרי". שר הביטחון הודיע שיתנגד לממשל צבאי ברצועה, ואמר שמערכת הביטחון הציגה תוכנית שנתניהו לא מוכן לדון בה. "מאז אוקטובר אני מעלה את הדברים בקבינט ללא תשובה. סופה של המערכת הצבאית במעשה המדיני". נתניהו מיהר להגיב: "אני לא מוכן להחליף את חמאסטן בפתחסטן".
המחלוקת הבאה בין נתניהו וגלנט סבבה סביב חוק הפטור מגיוס לחרדים. הוא הודיע שיתנגד למתווה חד-צדדי שיקדמו נתניהו והחרדים. "אני חושב שלאף אחד אסור לנצל את גודל השעה, לעשות פוליטיקה קטנה על גבם של הלוחמים, ואני אומר בפירוש - ההיסטוריה וגם הציבור לא ישכחו את מי ששם את השיקולים הפוליטיים לפני השיקולים המהותיים בשעת מלחמה", אמר שר הביטחון.
הקרע בין השניים הלך והעמיק, ובאוגוסט יצא נתניהו במתקפה חריפה נגד גלנט, לאחר שהוא כינה את הכרזותיו על ניצחון מוחלט "קשקושים". "כשגלנט מאמץ את הנרטיב האנטי-ישראלי, הוא פוגע בסיכויים להגיע לעסקה לשחרור החטופים. היה ראוי שיתקוף את סינוואר", האשים ראש הממשלה בהודעה שכותרתה הייתה "הניצחון המוחלט מחייב גם את גלנט".
כחודש לאחר מכן ניסה נתניהו לפטר את גלנט פעם נוספת, ולמנות במקומו את גדעון סער. אך גם הפעם תוכניתו של נתניהו נבלמה, הפעם בשל מתקפת הביפרים, שהחלה שלב חדש של לחימה אינטנסיבית בצפון. בשבועות האחרונים ערך נתניהו דיונים ביטחוניים ללא שר הביטחון.
הערב כאמור הודיע נתניהו לגלנט על פיטוריו בשיחה בארבע עיניים שנמשכה 3 דקות. בהצהרה שפירסם אמר נתניהו ש"משבר האמון שהלך ונפער ביני לבין שר הביטחון הפך לנחלת הכלל, והמשבר הזה אינו מאפשר המשך תקין של ניהול המערכה". השר ישראל כ"ץ ימונה במקום גלנט לעמוד בראש משרד הביטחון.