במערכת הפוליטית בישראל ביקרו בחריפות את ההחלטה שלא לתקוף מתקני גרעין באיראן. לצד השבחים למערכת הביטחון ולחיל האוויר, נטען גם כי מדובר בטעות אסטרטגית קשה וכי המחיר שנגבה מאיראן לא מספיק.

"אי תקיפת מתקני הגרעין של איראן תהיה בכיה לדורות", כתבה חה"כ טלי גוטליב ברשת X. "זו טעות קשה. איראן שיתקה את מדינתנו בירי טילים לכל שטחי ישראל! פספסנו הזדמנות להחליש לשנים ארוכות את סיכויי איראן להפוך למעצמת גרעין. תקיפת מתקנים צבאיים לא משנה את משוואת מאזן האימה במזרח התיכון. תקיפה שהיא רק הוכחה שאנחנו יכולים, ואנחנו לגמרי יכולים, מוטב היה לדחותה!".

ראש האופוזיציה יאיר לפיד בירך בדבריו את חיל האוויר, אך טען כי ההחלטה שלא לתקוף מטרות אסטרטגיות הייתה טעות. "מברך את חיל האוויר שהוכיח שוב יכולות מבצעיות ברמה הגבוהה בעולם ואת העליונות האווירית שלו", כתב ברשת X. "אוייבי ישראל יודעים הבוקר שצה"ל חזק ויכול לתקוף בעוצמה ולהגיע לכל מקום. ההחלטה לא לתקוף מטרות איסטרטגיות וכלכליות באיראן היתה שגויה. היינו יכולים וצריכים לגבות מאיראן מחיר כבד בהרבה".

יו"ר "ישראל ביתנו" אביגדור ליברמן שיבח את צה"ל על התקיפה - אך הזהיר מתגובת איראן. "הפעולה של חיל האוויר באיראן הביאה לידי ביטוי יכולות מרשימות של צה"ל ומקצועיות גבוהה ביותר של טייסנו", כתב. "אבל יחד עם ההצלחה הזו, אנחנו לא יכולים להתעלם מהמציאות הקשה ובכך שהאיראנים לא יעצרו כאן. הם ימשיכו במאמציהם להגיע לנשק גרעיני והם ימשיכו להעביר את הכספים ממכירת הנפט והגז לחיזבאללה, לח'ותים, למליציות השיעיות ולפרוקסים למיניהם. לצערי, נראה כי במקום גביית מחיר אמיתי, ממשלת ישראל שוב מסתפקת בפעולות ראווה וביחסי ציבור. קניית שקט במקום הכרעה ברורה. הגיע הזמן לפעול בדרך שתשקף את עוצמתנו ולא רק תדבר עליה".

יו"ר "הדמוקרטים" יאיר גולן הביע תמיכה בהחלטה על אופי הפעולה באיראן וטען כי "הלחץ האמריקני עבד, או שקול ההיגיון הצבאי פעל לשם שינוי, אבל כפי שהדברים נראים כרגע יש פוטנציאל גדול לכך שהתגובה הישראלית פגעה ביכולות הגנתיות והתקפיות של איראן, אך מבלי לגרור אותנו למלחמת התשה ודאית, שאינה בטווח האינטרסים הביטחוניים והלאומיים של ישראל. 'תגובה סוגרת' ולא 'תגובה פותחת' זה מה שישראל צריכה, ואם כך יתקדמו הדברים, נוכל לחזור לדבר הכי חשוב שממשלת ישראל מסרבת לעסוק בו: עסקת שחרור חטופים".