שמונה שרי ביטחון כיהנו בממשלות נתניהו לדורותיהן, מהקדנציה הראשונה עם איציק מרדכי שהסתיימה בפיטוריו ב-1999 ועד ההדחה המסתמנת של גלנט ב-2024. המשותף לכל שרי הביטחון האלו – חלקם רמטכ"לים לשעבר וחלקם קצינים זוטרים בלבד – הוא הסוף העגום. לכל אחד מהם רקע אידאולוגי שונה, תפיסת עולם אחרת ומטרות שונות ועם כל אחד מהם הצליח נתניהו להסתכסך ובין לבין להעביר אותם סדרה של השפלות. כך נראו היחסים של נתניהו כראש ממשלה עם כל שרי הביטחון שעבדו תחתיו.
1996-1999: איציק מרדכי
"אלוף שלושת הפיקודים" סיים את הקריירה הצבאית הענפה שלו בשנת 1995 כמפקד פיקוד צפון והצטרף כמעט מיד לליכוד. הוא ניצח את הפריימריז שהתקיימו לפני בחירות 1996 ושובץ במקום הרביעי אחרי יו"ר המפלגה נתניהו ושני חברי מפלגת גשר שרצה יחד עם הליכוד ברשימה אחת. אחרי הניצחון המפתיע בבחירות מינה אותו נתניהו לשר הביטחון בממשלתו הראשונה.
ב-1999 הקים ראש עיריית ת"א לשעבר את מפלגת המרכז ושאף לצרף אליה בכירים בליכוד ובמפלגת העבודה. נתניהו שחשש שמרדכי נמצא בקשר עם מילוא ואחרים במפלגה שזה עתה קמה החליט לפטר את שר הביטחון הראשון שלו. במכתב הפיטורים נכתב: "אדם שמועל בעקרונות של הבוחרים שלנו אינו ראוי להיות בשורותינו. לכן, מרדכי גם אינו יכול המשיך ולכהן כשר ביטחון בממשלה שאני עומד בראשה".
מרדכי השיב למכתב הפיטורים, בטקסט שנשמע כאילו יכול להיכתב היום: "נתניהו שלח לי מכתב מלא שקרים, שנכתב על ידי פוליטיקאי קטנוני. הוא לא ראוי לאמון שלי, וגם לא לאמון של העם בישראל. הוא סיכן הכול למען צרכיו הפוליטיים".
1999: משה ארנס
משה ארנס כיהן כשר הביטחון ה-9 של מדינת ישראל תחת ראשי הממשלה מנחם בגין ויצחק שמיר. הוא נחשב לפטרונו של בנימין נתניהו כששימש כציר בוושינגטון תחתיו כשגריר ישראל בארה"ב. ארנס שתמך בנתניהו כפוליטיקאי צעיר התאכזב ממנו והתמודד מולו על ראשות הליכוד בשנת 1999. ארנס הוותיק זכה רק ב-20% מקולות מתפקדי הליכוד, אך מונה במקומו של מרדכי לתפקיד שר הביטחון. חודשים אחדים מאוחר יותר התפרקה ממשלתו של נתניהו והוא הפסיד בבחירות הבאות ליו"ר מפלגת העבודה אהוד ברק.
2009-2013: אהוד ברק
אהוד ברק שנחשב אז ליריב הגדול של נתניהו בפוליטיקה הישראלית כיהן כשר הביטחון בממשלתו של אולמרט עד שהאחרון נאלץ להתפטר מתפקידו בשל חקירותיו במשטרה. נתניהו שניצח את הבחירות שנערכו בפברואר 2009 אחרי עשור "במדבר הפוליטי", הצליח להרכיב ממשלה על אף שזכה במנדט אחד פחות ממפלגת קדימה בראשותה של ציפי ליבני.
בראש מפלגת העבודה עמד אז ראש הממשלה לשעבר אהוד ברק, אך מפלגתו נחלה מפלה כשלראשונה הייתה למפלגה הרביעית בגודלה. ברק הצהיר שהעבודה בדרך לאופוזיציה אך הגיע להסכמות עם נתניהו ומונה לשר הביטחון בממשלתו.
זאת הייתה הקדנציה הארוכה ביותר של שר ביטחון בממשלת נתניהו והיא הסתיימה אחרי כ-4 שנים כשהתפרקה ממשלתו של נתניהו בשנת 2013. השניים תכננו את התקיפה באיראן שבסופו של דבר לא יצאה לפועל ופעילויות ברצועת עזה. למרות היחסים הטובים בין השניים – בשנים האחרונות חזרו ברק ונתניהו ליריבות פוליטית קשה ביותר.
2013-2016: משה יעלון
הרמטכ"ל לשעבר משה בוגי יעלון החליף אחרי בחירות 2013 את ברק בתפקיד שר הביטחון. למרות שבתחילת הקדנציה היחסים בין ראש הממשלה נתניהו לשר הביטחון יעלון היו תקינים, גילה יעלון שנתניהו מנהל משא ומתן עם ראש האופוזיציה יצחק הרצוג. על פי הדיווחים נתניהו הציע להרצוג את תפקיד שר הביטחון אך המהלך לא יצא לפועל.
בשנת 2016 ירה החייל אלאור אזריה במחבל מנוטל בחברון והרג אותו. יעלון ביקר את המעשה בחריפות וקרא לחקור את החייל. במליאת הכנסת אמר אז יעלון: "יש פה אירוע חריג של חייל שסרח ולא של גיבור". נתניהו שתחילה גינה את המעשה החליט בשל הלך הרוח הציבורי לחזור בו. פרשת אלאור אזריה והתגובות במערכת הפוליטית הובילו לדם רע בין נתניהו ויעלון, ובסופו של דבר להתפטרות שר הביטחון ולמינוי של אביגדור ליברמן.
"בחודשים האחרונים לכהונתי ראיתי שנתניהו מחפש נושאים להתעמת איתי. הבנתי שפנינו מועדות לדרך ללא מוצא", כתב יעלון. "כשהתפקיד הוצע לליברמן כבר היה לי ברור שזה עניין של שעות, אולי ימים עד שזה יקרה. ניסו לדבר איתי, להרגיע אותי, ולומר שיתכן שהמהלך כלל לא יצליח, אבל החלטתי להקדים תרופה למכה ולהודיע על התפטרותי".
2016-2018: אביגדור ליברמן
כניסתו של אביגדור ליברמן לקודש הקודשים של הביטחון הישראלי לוותה בביקורת נרחבת. יו"ר ישראל ביתנו נחשב אז לאדם חסר ניסיון בתחום ולסדין אדום בקרב חלקים נרחבים בחברה הישראלית. באותה עת מנתה ממשלתו של נתניהו 61 חברי כנסת וכניסתו של ליברמן ומפלגת ישראל ביתנו נתנה לראש הממשלה 6 מנדטים נוספים.
שר הביטחון החדש הגיע בגישה תקיפה בהרבה מזאת של ראש הממשלה. הוא תמך בפעולה תקיפה בעזה, בניגוד לעמדת נתניהו. כשנתיים אחרי כניסתו לקואליציה ועם כניסת הפסקת אש בין ישראל לחמאס, התפטר ליברמן מהממשלה וחזר לאופוזיציה.
בישיבת הסיעה שבה הודיע על התפטרות אמר: "מבחינתי מה שקרה אתמול, הפסקת אש, בשילוב עם כל התהליך ההסדרה מול חמאס הם כניעה לטרור. אין לזה שום הגדרה אחרת, או שום משמעות אחרת, אלא כניעה לטרור. אנו קונים שקט לטווח קצר במחיר פגיעה קשה בביטחון הלאומי לטווח ארוך". כחודש לאחר מכן פיזר נתניהו את הכנסת והלך לבחירות.
2019: נפתלי בנט
בנובמבר 2019, אחרי מערכת בחירות שבה לא הצליח אף צד להרכיב ממשלה, הודיעו הליכוד והימין החדש על כוונתם להתאחד לסיעה משותפת ובעקבות כך מינה נתניהו את בנט לשר הביטחון בממשלת המעבר. לטענת נתניהו, בנט מונה לתפקיד מסיבות פוליטיות, במטרה למנוע חתימה של סיעתו עם מפלגת כחול לבן שהייתה היריבה העיקרית על הרכבת ממשלה.
מי שהתנגד למינוי של נפתלי בנט לשר הביטחון הוא שר הקליטה דאז יואב גלנט שאמר: "ישראל נמצאת בתקופה ביטחונית מורכבת ורגישה. המינוי הזה אינו משרת את בטחון המדינה ולכן אצביע נגדו. אמשיך לעשות כמיטב יכולתי, כדי לסייע בידי ראש הממשלה והמערכת הביטחונית כדי לשמור על בטחון ישראל". גלנט ראה את עצמו כמועמד מרכזי לתפקיד, בתור הדמות הביטחונית הבכירה בממשלה ובשל העובדה כי הוא ונתניהו ראו עין בעין בנושאים הביטחוניים הרבים שעמדו אז על הפרק.
2020-2021: בני גנץ
אחרי שלוש מערכות בחירות שלא הגיעו להכרעה, סיכמו הליכוד בראשות נתניהו וכחול לבן בראשות בני גנץ על הקמת ממשלה משותפת. לראשונה בישראל הושבעו שני ראשי ממשלה. גנץ מונה במקביל לתפקיד ראש הממשלה החלופי, גם לשר הביטחון. עם הקמת הממשלה מונה בנימין נתניהו לראש הממשלה, ובני גנץ לראש הממשלה החלופי, כאשר החילוף ביניהם אמור היה להתקיים ב-17 בנובמבר 2021.
בין נתניהו לגנץ שרר חוסר אמון מוחלט מהיום הראשון, אך דווקא נראה היה שהם מצליחים לשתף פעולה באופן יעיל בנושאים ביטחוניים. באותה תקופה יצאה ישראל למבצע שומר החומות בעזה, ובמקביל פרצו מהומות קשות בערים המעורבות בישראל.
אחרי תרגיל פוליטי שעשה נתניהו לגנץ והסירוב של ראש הממשלה להעביר תקציב כמתחייב בחוק, התפזרה הכנסת בדצמבר 2020. גנץ האשים את נתניהו כי הוא שם את שרידותו הפוליטית לפני ביטחון ישראל. במערכת הבחירות שלאחר מכן ניסה נתניהו להשפיל את גנץ בקמפיין אכזרי שכלל הכפשות ושקרים.
2022: יואב גלנט
בדצמבר 2022 הושבעה ממשלת נתניהו השישית, זאת לאחר כשנה וחצי באופוזיציה. מי שבאופן טבעי מונה לשר הביטחון הוא יואב גלנט, שמועמדותו לרמטכ"לות בוטלה ברגע האחרון לאחר שהתגלה כי פלש לשטחים ומסר תצהירים כוזבים.
עם הקמת הממשלה הכריז שר המשפטים לוין על הרפורמה במערכת המשפט. המהלך הוביל להפגנות ענק ברחבי הארץ ולגל של "אי התנדבות" בחיל האוויר וביחידות נוספות בצה"ל. גלנט נשא הצהרה לציבור ובה הסביר כי ישנה סכנה ביטחונית חמורה בהמשך קידום המהפכה המשפטית. בהודעה שנשלחה לכתבים בסוף חודש מרץ פיטר נתניהו את גלנט: "ראש הממשלה בנימין נתניהו החליט להעביר מתפקידו את שר הביטחון יואב גלנט".
אחרי שמאות אלפי בני אדם יצאו להפגנות ספונטניות ברחבי הארץ במחאה על הפיטורים שנתפסו כפוליטיים, חזר נתניהו מהחלטתו וגלנט נשאר בתפקידו. הדם הרע בין השניים המשיך לאורך החודשים שלאחר מכן, עד שטבח חמאס ב-7 באוקטובר.
