בריאיון ראשון לאחר שנבחר לקבל את פרס ישראל, וההחלטה של השר קיש לבטל במפתיע את הפרס - אמר היום (שני) היזם אייל וולדמן כי הוא יודע שגורמים פוליטיים היו מעורבים בכך. מייסד חברת מלאנוקס הזהיר מפני הליך קבלת החלטות דומה בנוגע לניהול המלחמה והשבת החטופים: "אסור שההחלטות יתקבלו בשיקולים פוליטיים ולא מקצועיים".
על פי פרסומו של העיתונאי בן כספית, וולדמן נבחר לקבל את פרס ישראל ליזמות ע"י ועדה בראשות עמי אפלבום, יו"ר רשות החדשנות. כשנודע לשר החינוך על הבחירה, הוא הפעיל לחצים רבים בניסיון לשנותה. חברי הוועדה סירבו - וכדי לא להעניק את הפרס למי שנחשב למתנגד בולט לראש הממשלה ולמהפכה המשפטית שניסה להעביר, השר קיש החליט לבטל את פרסי ישראל ולהעניק אותם רק בתחומים "גבורה" ו"ערבות הדדית".
בריאיון לקרן מרציאנו אישר וולדמן את הפרסום ורמז כי בידיו הוכחות להתערבות הפוליטית אחרי ההחלטות המקצועיות בוועדה, אך הוא לא היה מעוניין לחשוף אותן. "אסור שגורמים פוליטיים, זרים לעבודת הוועדות, יהיו אלה שיקבעו מי יקבל את פרס ישראל ואיך".
לדברי וולדמן, אפלבום רצה לוודא שאם הוא יקבל את הפרס הוא יתנהג "בצורה ממלכתית" בטקס, והיזם הבטיח לו שכך יעשה מספר פעמים, בשיחות טלפוניות ופנים אל פנים. וולדמן הבהיר שהוא מבין את החשיבות בממלכתיות הטקס והדגיש: "ללא החדשנות, הטכנולוגיה והיזמות לא היה לנו את 'מעיל רוח' ואת 'כיפת ברזל', זה חשוב גם בזמן לחימה - וחשוב לכלכלה לא פחות מהלחימה עצמה".
"אני מאוד מקווה שבנושאי הלחימה הממשלה מקבלת החלטות בצורה נכונה - לטובת המדינה ואזרחיה, ולא כמו שהיה במקרה הזה, עם התערבות של אנשים שלא היו אמורים להיות מעורבים", אמר וולדמן, "צריך ממשל תקין, צריך נהלים תקינים. האנשים המקצועיים צריכים להחליט, ולא אנשים פוליטיים משיקולים זרים".
וולדמן, ששכל את בתו דניאל ז"ל ואת בן זוגה נעם שי ז"ל במתקפה הרצחנית של מחבלי חמאס על מסיבת הנובה, ביקש להפריד בין שני המקרים: "לא הייתי רוצה לקבל את הפרס בגלל שדניאל נרצחה, גם אם הממשלה אחראית לרצח של דניאל ועשתה שגיאות נוראיות".