בעיצומה של המלחמה החליט השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר למנות ממלא מקום למנכ"ל המשרד שהתפטר לפני כמה שבועות – ד"ר אלעזר בן הרא"ש, שהיה מנכ"ל משרד הנגב והגליל. זאת למרות ההתנגדות של נציב שירות המדינה, פרופסור דניאל הרשקוביץ, שטען כי ד"ר בן הרא"ש חסר ניסיון ביטחוני, שנדרש בתפקיד בעת זו במיוחד.
נציב שירות המדינה שלח מכתב לשר בן גביר בסוף השבוע ובו הביע את התנגדותו למינוי, שעלתה גם בשיחות שקיים עימו. לדבריו של הנציב, בזמן לחימה ובשל המשימות המוטלות על המשרד במצב חירום, "נדרש למנות לתפקיד אדם מתחום הביטחון ובעל עבר בתחום". למרות עמדת הנציב, החליט בן גביר לקדם את המינוי, שאינו דורש על פי חוק את אישור הנציב אלא רק היוועצות עימו.
השר בן גביר טען שבן הרא"ש הוא "איש מקצוע", שבלעדיו לא היה ניתן לקדם את רכישת הנשק בארץ ובעולם "כפי שזה מתבצע כעת". לדבריו של גביר, ד"ר בן הרא"ש בעל קשרים בבית הלבן, באירופה ובחברות נשק. השר לביטחון לאומי הוסיף כי ד"ר בן הרא"ש "עוסק בכך משבת בבוקר, בכל שעות היממה, ועד כה נרכש עשרות אלפי נשקים רק בזכותו".
גם גורם בכיר במשטרה תמה על ההתנגדות הנחרצת של נציב שרות המדינה למינוי מ"מ מנכ"ל המשרד. לדברי אותו גורם, ד"ר הרא"ש "הוא נכס בימים אלה -יותר מכל אחד אחר, הוא האיש הנכון במקום הנכון".
באתר משרד הנגב הגליל והחוסן הלאומי אף נכתב שד"ר בן הרא"ש הוא "בעל ניסיון ניהולי עשיר בהתוויית מדיניות, מחקר, הטמעה וניהול פרויקטים בהיקפים משמעותיים בתחומי התכנון, קרקע וסטטוריקה". עם זאת, לא הוזכר עבר ביטחוני או צבאי.
מנכ"ל המשרד לביטחון לאומי, עו"ד שלמה בן אליהו, הודיע לפני כחודש על סיום תפקידו. במכתב ששלח לעובדי המשרד ציין בן אליהו כי החליט להתפטר עקב "סיבות אישיות". על אף ההודעה המאופקת, ל-N12 נודע כי עו"ד בן אליהו החליט לסיים את תפקידו כמנכ"ל המשרד בשל מחלוקות עם השר בן גביר.