במשך שנתיים וחצי ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו התמהמה מלפנות את ח'אן אל-אחמר, זאת למרות החלטת בג"ץ שהתירה את הרס המבנים הלא חוקיים. הערב (שני) במהדורה המרכזית פרסמנו כי במשך השנה-שנתיים האחרונות התקיים משא ומתן חשאי בין נציגי התושבים למדינה, שבמהלכו הסכימו התושבים להתפנות מהמקום ליישוב קבוע אחר – בתמורה לקבלת מעמד תושב קבע בישראל בדומה לערביי מזרח ירושלים.
החלטת בג"ץ התירה למעשה את הרס המבנים, אך לא את פינוי האנשים מהשטח. ככל הנראה כדי להימנע מפינוי אלים ומתמונות בכלי התקשורת העולמית של אנשים שמפונים מביתם, ראש הממשלה לשעבר נתניהו התמהמה במשך כשנתיים וחצי – שבמהלכן התנהל משא ומתן חשאי עם התושבים.
במהלך המשא ומתן הוסכם עם הנציגות הרשמית של התושבים על כך שהמאחז יפונה, ובתמורה לכך הם יועברו ליישוב קבע על יד מצדה במקום שנקרא "בקעת הקנאים" ויקבלו דרכון ישראלי – במעמד דומה לערביי מזרח ירושלים.
ההסכמה הזו בין התושבים למדינה לא הבשילה ונמשכה לאורך שלוש ממשלות שקמו ונפלו. כל פעם היו בחירות, הסמכות בנושא עברה מאחד לשני – ובחודש שעבר שקמה הממשלה הסמכות עברה לבסוף ממשרד הביטחון למשרד ראש הממשלה. זאת אומרת שתפוח האדמה הלוהט הזה הונח לפתחו של נפתלי בנט – מי שהבטיח לכל אורך קמפיין הבחירות לפנות את ח'אן אל אחמר.