המאבק בבנייה הפלסטינית הבלתי חוקית בשטחי C יוצר בשעות האחרונות מאבק והתגוששות בין אנשי תקווה חדשה לאנשי כחול לבן, על סמכויות הטיפול בסוגיה.
בלחץ תקווה חדשה ולמרות שמדובר בסוגיה מדינית (שבדיון בסוגיות אלו הוחלט להימנע בשלב הזה), הוכנס להסכמים הקואליציוניים המאבק בהתפשטות הפלסטינית הבלתי חוקית בשטחי C. אלא שכאן הגרסאות מתפצלות: אנשי תקווה חדשה טוענים כי סוכם מול לפיד ובנט שתוקם מנהלת מיוחדת, חיצונית למשרד הביטחון, שתטפל בנושא. בסביבתו של גנץ טוענים הפוך, קרי שסוכם שהטיפול בנושא יישאר בידי משרד הביטחון תחת המנהל האזרחי, שיתוגבר בכוח אדם. עוד מסבירים שם שאין שום סיכוי שהסמכויות יילקחו מידיים צבאיות ויועברו באיזשהו אופן לידיים פוליטיות.
לדברי גורמים המעורים בתכני המו"מ, גנץ מתעקש על המשך הטיפול של משרדו בסוגיה, בעוד זאב אלקין מטיל על כך וטו ודורש את הקמת המנהלת החיצונית שלא תהיה כפופה לגנץ. על פי אותם גורמים אלקין אמר אמש לאנשי גנץ: "בלי זה - הממשלה לא תקום".
בסביבת שר הביטחון אומרים שהלחץ מכיוונו של אלקין לא יעזור ולא ייתכן שנושא בטיפולו הבלעדי של משרד הביטחון יופקע, לא כל שכן מדובר בסוגיה ביטחונית בשטחים שהצדדים החליטו ביודעין להימנע מקרבות סביבה מתוך הההבנה שיש פערי אידאולוגיות. גורמים בתקווה חדשה מנסים להוריד את גובה הלהבות ומסבירים שאין פערים סביב התוכן, שכולל הוספת 50 תקנים למאבק בהתפשטות הפלסטינית הבלתי חוקית, אלא רק בפרוצדורה ובשאלה איפה "יחנו" 50 התקנים הללו. לפי אותם גורמים, הסוגיה פתירה.