שר הביטחון אהוד ברק הודיע הערב כי יוציא את ישיבת "הר ברכה" מההסדר המתקיים בין צה"ל לישיבה. בנוסף הנחה ברק את צה"ל לפעול להוצאת הישיבה מההסדר תוך "פרק זמן סביר", בכדי לאפשר לתלמידי הישיבה להשתלב במסגרת אחרת.
החלטתו של שר הביטחון התקבלה לאחר שרב הישיבה אליעזר מלמד לא הגיע לראותו, למרות שזימן אותו לפגישה. הרב נפגש ביום חמישי עם סגן שר הביטחון וילנאי, שם הוא דרש ממנו לצאת בהצהרה פומבית נגד הסרבנות.
ממשרד הביטחון נמסר כי ברק "רואה בחומרה רבה כל תופעה של סרבנות ואינו מוכן לקבל כל סטייה ממה שמוגדר על ידו כקו אדום". במשרד הביטחון הוסיפו כי מעשיו של הרב מלמד מערערים את יסודות הדמוקרטיה הישראלית.
לטענת ברק, דבריו של הרב מלמד עודדו והסיתו חלק מתלמידיו לסרבנות ולפגיעה ברוח צה"ל וכי אין להם מקום במדינה מתוקנת. "יש להקפיד ולשמור את צה"ל מחוץ לויכוח הפוליטי", ציין בהודעה רשמית הערב.