מה שהחל כניסיון להפשיר את התחממות ביחסי טורקיה-ישראל הופך להיות משבר פוליטי בין ראש הממשלה בנימין נתניהו לשר החוץ. הערב פרסמנו לראשונה כי שר התעשייה, המסחר והתעסוקה נימין בן אליעזר נפגש בימים האחרונים בחשאי עם שר החוץ הטורקי - וזאת מבלי ששר החוץ אביגדור ליברמן ידע.
שר החוץ לא נותר אדיש למהלך שנעשה מאחורי גבו. בתגובה רשמית לפרסום בחדשות 2 אמר דוברו של ליברמן כי "שר החוץ רואה בחומרה רבה את העובדה שהדבר נעשה מבלי לעדכן את משרד החוץ, זו פגיעה בכל הנורמות של מינהל תקין ופגיעה קשה באמון בין שר החוץ לראש הממשלה. השר ליברמן מתכוון לברר את העניין עד תום".
נסיעתו של בן אליעזר הינה למעשה ניסיון ראשון להחיות מחדש את הקשר שקרס. השר בן אליעזר, לו היו עד היום קשרים ענפים עם שר החוץ הטורקי, לפחות עד המשט לעזה והתוצאות הקטלניות שלו, יצא לשליחות הזאת באירופה מטעם ראש הממשלה בנימין נתניהו. השניים קיוו, ככל הנראה, כי המגעים יישארו חשאיים.
השר ליברמן, כאמור, לא ידע על המפגש החשאי, לפחות עד אשר נחשף במהדורה המרכזית. בשיחה עם חדשות 2 סירב בן אליעזר, שהיה בציריך באותה עת, לאשר את קיום הפגישה, אך גם לא הכחיש אותה.
בלשכת ראש הממשלה מנסים למזער את הנזק ליחסים בין ראש הממשלה לשר החוץ. בהודעה שהועברה לתקשורת נאמר: "השר בן אליעזר דיווח לראש הממשלה בנימין נתניהו על פנייה אליו מצידה של אישיות טורקית לגבי פגישה בלתי רשמית. ראש הממשלה לא ראה מניעה לקיום פגישה כזאת לאחר שבשבועות האחרונים היו יוזמות מגוונות למגעים עם טורקיה בידיעת משרד החוץ. אי העדכון לגבי הפגישה הזו נבעה מסיבה טכנית בלבד. מ נתניהו עובד בשיתוף פעולה מלא עם שר החוץ ליברמן ויברר עימו את פרטי המקרה".