ראש הממשלה אהוד אולמרט, שצפוי להתפטר בקרוב מתפקידו, יהיה האחרון משלושת אדריכלי מלחמת לבנון השנייה שעזבו את התפקיד. קדמו לו הרמטכ"ל באותה התקופה דן חלוץ ושר הביטחון דאז עמיר פרץ. דוח וינוגרד הפנה נגד השלושה ביקורת חמורה שגררה לחץ ציבורי אדיר שקרא לשלושה להתפטר.
פרץ הואשם בעיקר על שלקח על עצמו את תפקיד שר הביטחון למרות חוסר ניסיונו הצבאי, ולא התעקש על תיק האוצר או תיק חברתי אחר, כפי שצופה ממנו כשהעלה על נס את הנושא החברתי לפני הבחירות. פרץ דחה את הקריאות להתפטרותו אחרי המלחמה, אך ב-15 ביוני 2007, עם בחירתו של אהוד ברק לראשות העבודה, הוא הודיע על ההתפטרות מתפקיד שר הביטחון וסגן ראש הממשלה.
ועדת וינוגרד שחקרה את אירועי המלחמה הפנתה חלק ניכר מהביקורת שלה אל מפקד המערכה - הרמטכ"ל דן חלוץ. נגד מי שהיה מפקד חיל האוויר הופנתה גם ביקורת אישית בזמן המלחמה כאשר נחשף כי ביום חטיפת החיילים בזרעית, הורה חלוץ למכור את כל ניירות הערך שהיו בחשבון הבנק שלו. ב-17 בינואר 2007 התפטר חלוץ מתפקידו, אחרי שבמשך כמה חודשים הוביל תהליכים לשיקום צה"ל. "בחרתי לקחת אחריות", כתב לראש הממשלה ושר הביטחון. "אני לא שובר כלים ולא בורח".
בנאום פרידה בועדת חוץ וביטחון אמר חלוץ "הכי כואב לטייס כאשר מספר 2 שלו יורה לו בגב", ועורר עליו את זעמו של סגנו משה קפלינסקי.