על רקע העימות החריף בין הצבא למבקר המדינה סביב בדיקת המחדל, צה"ל פרסם הערב (רביעי) בהנחיית הרמטכ"ל קריאה למפקדים שנלחמו בשבת השחורה "לתרום להשלמת התיאור העובדי של הנסיבות, ניתוח המסקנות והפקת הלקחים על בסיס התחקירים שערכתם ביחידותיכם".
במכתב ששלח תא"ל איתמר לסרי למפקדים, הוא אמר להם כי "הדבר חשוב לאין ערוך כדי להגיע לתחקירי אמת, ללמוד ולהשתפר בעקבותיהם, וכדי לחזק את האמון בצה"ל".
"מפקדי צה"ל הסבורים שיש בידם להשלים ולשפר את מלאכת התחקיר ותוצריו, יכולים לפנות למפקד המתחקר הרלוונטי ולהשפיע לטובת שלמות התחקיר", הוסיף תת-אלוף לסרי במכתב. "מלאכת התחקיר היא מורכבת ביותר. היא מקיפה ומתכללת פרטים רבים מספור ונשענת על מגוון מקורות רחב ביותר, כדי להגיע לתיאור המדויק והמקיף ביותר האפשרי ולהסיק את המסקנות והלקחים הנדרשים לקראת העתיד".
לפי לסרי, צה"ל החל לקיים את התחקיר, בהנחיית הרמטכ"ל, כבר במהלך חודש מרץ. "קבענו את סדר התחקירים מן הכלל אל הפרט - מהרמה המערכתית ועד להתרחשות הקרבות והאירועים בשטח - וזאת כדי להבין טוב יותר את הנסיבות ששררו, את הפעולות שננקטו ואת תוצאותיהן, וכדי להצביע על התיקונים הנדרשים בכל הרמות, הוסיף הקצין הבכיר.
"לאורך החודשים האחרונים תהליך התחקור התקדם בהתאם לקצב הלחימה והאילוצים המבצעיים, תוך מתן עדיפות למאמץ המלחמתי", ציין לסרי במכתב. "כעת אנו נערכים לסיכומם של התחקירים המערכתיים, העוסקים בבירור ובבחינה של הכישלון בפרוץ המלחמה ובהבנת התמונה הרחבה. עם השלמתם, הממצאים והתובנות יוצגו בפני הדרג המדיני, המשפחות השכולות והציבור בישראל".
ביום ראשון האחרון פרסמנו לראשונה ב"מהדורה המרכזית" כי גורמים בצה"ל טענו כי "אנשי מבקר המדינה, שחוקרים את אירועי 7 באוקטובר, פועלים בניגוד להסכם שקבע בית המשפט העליון. קצינים תוחקרו והתבקשו לענות על שאלות החורגות מהתיחום שפסקו השופטים".
בשיחות סגורות אנשי מבקר המדינה הודו שלפחות בשני מקרים, הקצינים אמרו אמת ואכן הייתה חריגה מן השאלות המותרות. לטענתם, לאחר מכן החוקרים מטעם מבקר המדינה לקחו צעד לאחור כאשר העירו להם על כך.