על פי ממצאי התחקיר, המתקפה על כפר עזה החלה בשעה 06:30 בבוקר. הגל הראשון של המחבלים הגיע בשילוב של כוחות אוויריים וקרקעיים. מספר רחפנים הביאו מחבלים מהאוויר, בעוד כוחות רכובים פרצו את גדר הקיבוץ בשלוש נקודות שונות. זו הייתה רק ההתחלה של מה שעתיד להפוך ליום ארוך ועקוב מדם.
בשעה 9:00 הגיע הגל השני של המחבלים. זה היה גל גדול יותר, שהתמקד בשכונת הדור הצעיר בקיבוץ. התוצאה הייתה טבח נורא שהותיר את השכונה מוכת אבל וחורבן. אך המתקפה לא הסתיימה כאן. לאורך כל היום המשיכו להגיע גלים נוספים של מחבלים - עד השעה 02:00 לפנות בוקר של יום ראשון. בסך הכול, על פי הערכות התחקיר, נכנסו לקיבוץ בין 270 ל-300 מחבלים.
היעדר פיקוד ושליטה, הכוחות לא נלחמו במשך שעות
לפי ממצאי התחקיר, תגובת צה"ל לפלישת המחבלים ההמונית לקיבוץ הייתה איטית ולא מתואמת. למרות שלמעלה מ-20 כוחות שונים הגיעו לקיבוץ ולחמו בצורה הרואית, הם פעלו ללא פיקוד ושליטה מתוכננים. יתרה מזאת, התחקיר חושף כי היו כוחות שעמדו בשער הקיבוץ ביום שבת אך לא נכנסו אליו בין השעות 10:00 ו-14:00 - שעות קריטיות שבהן התרחש חלק ניכר מהטבח. הסיבות לאי-הכניסה של כוחות אלה עדיין נבדקות.
אחת הבעיות המרכזיות שעלו בתחקיר היא חוסר היכולת לבודד את זירת האירוע. הכוחות לא הצליחו לסגור את הכניסות השונות לקיבוץ, מה שאפשר למחבלים להמשיך ולחדור פנימה במשך שעות ארוכות. בנוסף, כמעט ולא הייתה לחימה בשעות הלילה שבין שבת לראשון בשל חשש מירי של כוחותינו על כוחותינו (דוּ"ץ). במקום זאת, לוחמים נאלצו לישון בבתים בזמן שמשפחות היו כלואות בממ"דים מ-6:00 בבוקר.
החזרת השליטה בניהול הכוחות של צה"ל החלה רק ביום ראשון בבוקר, יממה לאחר תחילת המתקפה. רק בערבו של יום זה הגיעו הכוחות לכל השכונות בקיבוץ. השתלטות מלאה וטיהור הקיבוץ הושלמו רק בצוהרי יום שלישי - למעלה משלושה ימים לאחר תחילת מתקפת הפתע.
פינוי האוכלוסייה היה גם הוא בעייתי ולא מסודר. היו אזורים שלא הגיעו אליהם עד יום ראשון בשעות הבוקר. רוב האוכלוסייה פונתה רק ביום ראשון בצהריים, וכתוצאה מהכאוס, חלק מהמפונים הועברו בצירים שעדיין היו בהם מחבלים ובכך היו במצב שסיכן את חייהם.
אחד האירועים שעלו בתחקיר היה מקרה שבו כוחות הצבא הגיעו לחלץ את גופות החיילים שנלחמו - בזמן שעדיין התנהלה לחימה בקיבוץ והיו אזרחים ופצועים שטרם פונו מבתיהם.
תגובת דובר צה"ל: "תחקיר הקרב בכפר עזה טרם הסתיים, ועל כן לא הוצג לרמטכ"ל. הממצאים המוצגים בכתבה אינם מדויקים ואינם סיכום התחקיר הרשמי של צה"ל. צה"ל רואה בחומרה כל הדלפה מתוך תחקיר מבצעי, העשויה לפגוע בהמשך התחקור ובתושבי הקיבוץ בפרט. לכשהתחקיר יסוכם, הוא יוצג קודם לקהילת הקיבוץ ולאחר מכן לציבור".