סביב השעה 3:00 הלילה (בין ראשון לשני) הודיע דובר צה"ל על מבצע לילי בבית החולים שיפא. אולם, שעות בודדות לאחר הפשיטה, עולות שאלות רבות על מה ומי שאותר במתחם הרפואי: מהסתננות מחבלים חזרה לשטח שכבר טוהר ממחבלים - ועד הימצאות "בכירים" שונים בתוך בית החולים, שהפך למפקדת טרור של חמאס.
מחבלים מחופשים לנשים - באמבולנסים: כך הצליח חמאס להסתנן לביה"ח
בית החולים שיפא ממוקם בעיר עזה, בצפון הרצועה. מדובר באזור שנכבש כבר בידי צה"ל, ולכן עולה השאלה כיצד שוב הגיעו לבית החולים מחבלים רבים - ואף הקימו מפקדה?
ברגע שצה"ל יצא מהמרחבים שהוא כבש, חמאס מנסה בחלק מהמקומות לשקם תשתיות - ואת המשילות שלו באזור. זה מתחיל מ"אזרחים" שהם שוטרים חמושים ללא מדים, חמושים שמגיעים על משאיות סיוע וגם בניסיונות לבצע מעשים יותר דומיננטיים.
בנוסף, עולה שאלת ההיערכות של צה"ל לאפשרות של הסתננות חזרה, ואם נודע על פעילות הטרור בבית החולים. בצה"ל נערכו לתרחיש כזה, וזו בדיוק המטרה של הפשיטות. צה"ל זיהה את הניסיון של חמאס לחזור לשטח, ועקב אחרי תנועה של מחבלים לבית החולים. הם התנקזו ממקומות מסתור בצפון הרצועה לשם, וניסו להתגנב באמבולנסים, מחופשים לנשים. ברגע שהיו מסה גדולה של מחבלים ומודיעין מדויק - הוחלט לבצע את הפשיטה.
עוד נשאלת השאלה הזאת: מי אפשר את הקמת מפקדת הטרור שוב בתוך בית החולים שיפא? לאחר הפשיטה הקודמת של צה"ל בחודש נובמבר, בישראל הזהירו את משרד הבריאות העזתי שלא לאפשר לחמאס לחדור לשם שוב. אולם, הם לא הקשיבו לאזהרות - ובכל זאת אפשרו זאת.
עוד עולה שאלת השימוש של המחבלים במנהרות, שאליה בצה"ל כבר התייחסו: בצה"ל מעריכים שהמחבלים לא חזרו להשתמש בתת-הקרקע ובמנהור שנחשף מתחת לבית החולים, וכי לא התקבל מודיעין על חטופים במקום.
בהצהרה שפרסם הלילה דובר צה"ל, הוא הודיע כי "בכירי חמאס" התאגדו בתוך בית החולים - והוסיף כי כ-80 מחבלים נעצרו, ללא פירוט אם מדובר במחבלים זוטרים או בכירים. אולם נשאלת השאלה: מי הם אותם בכירים? זו השאלה הגדולה ביותר - שנשארה עדיין פתוחה. יש להדגיש כי הפעולה עדיין נמשכת גם בשעה זו, כוחות שב"כ ולוחמי יחידה 504 שוהים במקום וחוקרים את העצורים.
הפשיטה החלה סביב השעה 2:30 בלילה, לאחר שכוחות אוגדה 162 נכנסו חשאית לבית החולים. בעזרת מידע מודיעני, איתרו בתוך המבנה מחבלי חמאס, שהקימו מפקדת טרור של ארגון הטרור בחסות המטופלים במקום. במהלך הפשיטה בית החולים כותר והמרחב שלו נסגר. חיל האוויר סייע במעטפת אווירית - וסיכל איומים במרחב. בשלב זה התפתחו חילופי אש רבים, כפי שניתן לראות בתיעוד מהמקום. עד כה כמה מחבלים חוסלו, כ-80 נעצרו.