נתניהו וגלנט הצהירו שראשי החמאס הם "בני מוות", וראש הממשלה אף הנחה את ראש המוסד לפגוע בהם ברחבי העולם - זמן קצר לפני הפסקת האש וגם אחריה. אמש (שלישי) חוסל סאלח אל-עארורי, מספר 2 בחמאס: לפי הדיווחים, כטב"ם ישראלי פגע במשרד שבו שהה עארורי עם בכירים נוספים. לאורך השנים, בסבבי לחימה וגם ביניהם, חיסלה ישראל שורה של בכירי חמאס, בעוד אחרים - כגון מוחמד דף וח'אלד משעל - הצליחו לשרוד כמה וכמה ניסיונות התנקשות: N12 חוזר לחיסולי העבר המוצלחים והבולטים שפגעו בצמרת ארגון הטרור.
1996: חיסול המהנדס יחיא עיאש
ב-5 בינואר 1996 חוסל המהנדס יחיא עיאש, ממקימי הזרוע הצבאית של חמאס ואחד מהאחראים לפיגועי ההתאבדות בשנות ה-90 - פיגועים שגבו את חייהם של יותר מ-100 ישראלים.
לאחר שאשתו של עיאש ילדה, הוא רצה להתקשר לאביו ולהודיע לו על הולדת הנכד. השיחה שובשה במתכוון והטלפון הקווי שבק חיים. אביו של עיאש החליט להתקשר פעם נוספת, הפעם לטלפון הנייד של בנו והוא ענה. בשלט רחוק הופעל המטען הקטלני בעת שהיה צמוד לרקתו - 50 גרם חומר נפץ שהוטמנו בסוללת הטלפון וגרמו לחיסולו.
2002: חיסול סלאח שחאדה
ב-23 ביולי 2002 מטוס F-16 של חיל האוויר הטיל מעט לאחר חצות פצצה במשקל של טונה על בניין בעיר עזה, שבו התגורר מפקד הזרוע הצבאית של חמאס אז, סלאח שחאדה עם משפחתו. לצד זאת, חיסולו עורר את שאלת המוסריות באשר לשיטת הסיכולים הממוקדים, לאחר ש-14 בני אדם חפים מפשע, בהם אשתו ואחת מבנותיו, נהרגו בהפצצה.
שחאדה היה לעוזרו הקרוב של השיח' אחמד יאסין וקיים מגעים שוטפים עם הנהגת חמאס בחו"ל. הוא הכווין מאות פיגועים, בהם הפיגוע בעצמונה - שבו נהרגו תלמידי ישיבה - והחדירה למוצב אפריקה, שבו נפלו ארבעה חיילי צה"ל.
2003: חיסול אבראהים מקדאמה
ב-8 במרץ 2003 מסוקי קרב של חיל האוויר שיגרו טילים לעבר המכונית שבה נסע בכיר חמאס אבראהים מקאדמה, בשכונת שיח' רדואן בעזה. יחד עימו נהרגו שלושה משומרי הראש שהיו עימו.
מקאדמה נחשב לאחד האידיאולוגים הבולטים של חמאס, כתב עשרות ספרים ומאמרים בנושא הג'יהאד, היה מהמתנגדים הבולטים להסכם אוסלו וממובילי מדיניות הפיגועים. הוא ישב בכלא הישראלי בין השנים 1996 ל-2000 וראה בהתנגדות המזוינת את הדרך היחידה לעצמאות.
2003: חיסול איסמאעיל אבו שנב
ב-21 באוגוסט 2003 תקפו מטוסי אפאצ'י של חיל האוויר את רכבו של בכיר חמאס איסמאעיל אבו שנב בעזה. מלבדו, נהרגו שני שומרי ראשו.
אבו שנב היה חלק מההנהגה המצומצמת של ארגון הטרור ושימש כסגנו של השיח' יאסין, בעת שהוא שהה בחו"ל. הוא הרבה להופיע בתקשורת והיה לו חלק בקביעת מדיניות הפיגועים של חמאס. הוא אף פעל לשיקום התשתיות הצבאיות ברצועת עזה ובגדה.
2004: חיסול אחמד יאסין
ב-22 במרץ 2004 מסוקי חיל האוויר שיגרו שלושה טילים לעבר המנהיג הרוחני של חמאס, השיח' אחמד יאסין שהיה מרותק לכיסא גלגלים. התקיפה קרתה כאשר יאסין, ששרד כמה ניסיונות חיסול בעברו, יצא מתפילת השחר במסגד.
יאסין ייסד את חמאס בשנת 1988 ושנה לאחר מכן, נעצר בידי שב"כ במסגרת גל מעצרים נרחב של פעילי חמאס. ב-1991 הוא נידון למאסר עולם ו-15 שנה בכלא הישראלי. אך הוא שוחרר מהכלא ב-1997 במסגרת עסקה עם ירדן, לאחר ניסיון החיסול הכושל של ח'אלד משעל בעמאן. יאסין חזר לפעילות טרור, הוביל קו קיצוני והמשיך להטיף לאלימות נגד אזרחי ישראל.
2004: חיסול עבד אל-עזיז רנתיסי
ב-17 באפריל 2004 שוגרו שני טילים מהאוויר לעבר רכבו של עבד אל-עזיז רנתיסי בעזה. הוא נפגע אנושות ולאחר מכן מת מפצעיו.
מאז חיסול יאסין, רנתיסי שימש כמחליפו ושהה במקום מסתור. בעבר הוא שימש כראש מפקדת החוץ של ארגון הטרור וכדובר התנועה
2004: חיסול עדנאן אל-ר'ול
ב-21 באוקטובר 2004 שיגר מסוק קרב ישראל טילים לעבר רכבו של בכיר הזרוע הצבאית של חמאס עדנאן אל-ר'ול, סמוך לציר סלאח א-דין. אל-ר'ול היה מומחה להכנת מטעני נפץ ושימש כיד ימינו של רמטכ"ל חמאס, מוחמד דף. הוא אחראי לרצח של עשרות חיילים ואזרחים ישראלים.
2009: חיסול ניזאר ריאן
ב-1 בינואר 2009 צה"ל תקף את ביתו של בכיר חמאס ניזאר ריאן, במחנה הפליטים ג'באליה שבצפון רצועת עזה. ריאן היה אחד מאנשי חמאס שקישרו בין הדרג המדיני בתנועה לדרג הצבאי, ונחשב לאחד מהקיצוניים שהיו בארגון הטרור.
2009: חיסול סעיד סיאם
ב-15 בינואר 2009 במהלך מבצע "עופרת יצוקה", חיל האוויר תקף את בית אחיו של מנהיג חמאס סעיד סיאם, איאד, שבו הסתתר בג'באליה. סיאם שימש כאחראי על מנגנוני הביטחון של חמאס, ובהם המשטרה, הכוח הימי ומנגנוני ביטחון הפנים. הוא אחד ממובילי הגישה האידיאולוגית-הקיצונית ביותר מבין מנהיגי חמאס.
2010: חיסול מחמוד אל-מבחוח
ב-19 בינואר 2010 בעת ששהה בכיר חמאס מחמוד אל-מבחוח במלון בדובאי, אירע מבצע ההתנקשות בו שמיוחס למוסד הישראלי - אך מעולם ישראל לא קיבלה אחריות על המבצע. המתנקשים התנפלו עליו, ולפי פרסומים זרים החדירו רעל לגופו בדרך שלא משאירה סימנים ונראית כמו מוות טבעי.
אל-מבחוח היה מראשוני הפעילים בזרוע הצבאית של חמאס והיה מעורב אישית בחטיפתם וברציחתם של חיילי צה"ל, אבי סספורטס ואילן סעדון, בסוף שנות ה-80. בנוסף, הוא עסק בהברחת אמל"ח מאיראן לרצועת עזה.
2012: חיסול אחמד ג'עברי
ב-14 בנובמבר 2012 חוסל רמטכ"ל חמאס אחמד ג'עברי במבצע שעליו פיקד ראש השב“כ דאז יורם כהן - באמצעות ירי מדויק מכלי טיס של חיל האוויר שבוצע לעבר רכבו. ג’עברי יזם ותכנן את חטיפת גלעד שליט, והוביל קו ניצי בחמאס. הוא נחשב לאחד מהיוזמים של ההפיכה הצבאית האלימה שארגון הטרור ביצע ב-2006 נגד הרשות הפלסטינית ברצועת עזה.
2014: חיסול ראאד אל-עטאר
ב-21 באוגוסט 2014 חוסל בכיר חמאס ראאד אל-עטאר בתקיפת דירת מסתור בשכונת אל-סולטאן שברפיח. עטאר היה ממתכנני חטיפת גלעד שליט ואחד האנשים שהחזיקו בו בשבי. הוא גם עמד בראש החוליה שפעלה כדי לחטוף את סגן הדר גולדין ז"ל במהלך קרב שנערך ברפיח. במסגרת מבצע "צוק איתן".
המחבל היה אחראי להכוונת כלל הפעילות הצבאית בגזרת רפיח - חפירת מנהרות, החדרת מחבלים לשטח ישראל והוצאת פיגועים. בנוסף, הוא היה מעורב גם בהברחת אמצעי לחימה ממצרים אל תוך רצועת עזה.
2014: חיסול מוחמד אבו שמאלה
ב-21 באוגוסט 2014 צה"ל חיסל את מוחמד אבו שמאלה, ששימש ראש הזרוע הצבאית של חמאס בדרום רצועת עזה. הוא חוסל יחד עם ראאד אל-עטאר ומוחמד ברהום.
אבו שמאלה היה אחראי על מנהרות ההברחה ברפיח. בנוסף, פיקד על עשרות פיגועי טרור בשטחי ישראל והיה כלוא במשך 9 חודשים בכלא הישראלי, ובמשך 3 שנים בכלא של הרשות הפלסטינית.
2016: חיסול מוחמד א-זווארי
ב-15 בדצמבר 2016 מוחמד א-זווארי, מהנדס חמאס, נורה למוות במכוניתו סמוך לביתו בתוניסיה. לפי הדיווחים, הוא יצר קשר עם אנשי חמאס והחל לסייע לזרוע הצבאית עם הידע שצבר. לאחר שעבד בפיתוח מל"טים, א-זווארי היה תחת מעקב של המוסד. בתקשורת המקומית נטען כי חוסל בידי אנשי המוסד.
2018: חיסול פאדי אל-בטש
ב-21 באפריל 2018 בעת שפאדי אל-בטש, חבר הזרוע הצבאית של חמאס, היה בדרכו מביתו שבמלזיה לתפילה במסגד - הוא חוסל בידי שני מתנקשים. משפחתו האשימה את המוסד, אך ישראל הכחישה את מעורבותה בפרשה. אל-בטש עסק בייצור רקטות של ארגון הטרור ובשיפור דיוקן.