בתקיפה הלילה (בין ראשון לשני) בג'נין תקף צה"ל מהאוויר תשתית טרור משמעותית ששימשה מפקדה של ארגוני טרור פלסטיניים. המפקדה היוותה חמ"ל שאיחד פלגים שונים במחנה הפליטים בג'נין ובין היתר שימש לתצפית. שימושה העיקרי והמסוכן ביותר של המפקדה היה נקודה שממנה יצאו מספר פיגועים ממחנה הפליטים נגד אזרחים ישראלים.
מפקדת הטרור הוצבה במוקד רגיש במחנה, המוקף כמה מתחמים של ארגון אונר"א של האו"ם שתפקידו מתן סיוע לפלסטינים. בין המתחמים: בית ספר אונר"א, מרפאה ובית ספר נוסף. המפקדה, שהוצבה סמוך למבנים אלו, הכילה אמל"ח (אמצעי לחימה) והייתה נקודת התחמשות בנשקים ומטענים למחבלים שיצאו לפגע. לאחר הפיגועים היא היוותה נקודת התכנסות ו"מקלט" עבורם.
לאחר ההפצצה, ואולי משום שהמפקדה הוצבה במקום כה רגיש מבחינה בין-לאומית, מיהר משרד החוץ לפרסם הבהרה בנושא ולהסביר כי מדובר בנקודה שמהווה תשתית טרור משמעותית. בהודעות המשרד הסביר כי ישראל "לא תסבול פעולות של טרור נגד אזרחיה ותפעל למגר אותן".
Terrorist organizations use the Jenin Refugee camp to promote terror activities within a highly populated area. They operate a terror hub embedded among schools and medical centers.
— Israel Foreign Ministry (@IsraelMFA) July 3, 2023
Israel acts against terror elements which disrupt the stability and security of the region, while… pic.twitter.com/yTjjj5ZSV2
לאחר התקיפה הראשונה, היו מספר תקיפות של כטב"מים. כלי הטיס הללו תקפו מחבלים, אמל"ח ומכונת מטענים. לפי נתונים של צה"ל, יותר מ-50 פיגועי ירי יצאו מהעיר ג'נין מאז 2022, ובהם השתתפו 59 מחבלים. המפגעים רצחו שלושה אזרחים ישראלים והביאו ל-14 פצועים ישראלים. בתקופה זו ברחו 19 מחבלים לג'נין להסתתר, בין היתר, במפקדה שהופצצה.