כחלק מההסכם הקולאיציוני בין הליכוד לציונות הדתית, המפלגות הסכימו על סעיף שקובע כי מי שימנה את הרב הצבאי הראשי לצה"ל יהיה שר הביטחון ולא הרמטכ"ל, כפי שהיה נהוג עד כה. בצה"ל אמרו: "ההחלטה נקבעה מעל ראשי הבכירים".
הרב הצבאי הראשי הוא תפקיד רגיש מאוד בצבא, וכחלק מתפקידו הוא עוסק, בין היתר, בענייני גיור ובהכרזה על חייל צה"ל כחלל. בצבא מוטרדים מאוד מהניסיון להוציא את יכולת המינוי מידיו של הרמטכ"ל וטוענים שהדבר פוגע בתפקוד הרמטכ"ל.
בצה"ל לא אהבו את הסיכום והגיבו בחריפות: "המגמה הזו - זה מה שמדאיג. תקיפת דובר צה"ל, העברת סמכויות המנהל האזרחי ומג"ב יהודה ושומרון, וכעת העברת הסמכות למינוי הרב הצבאי הראשי. זה בלתי נסבל שמי שיקבע את המינוי לא יהיה הרמטכ"ל. זה הפוך ממלכתיות וצבא העם. יש מפקד אחד לצבא והוא מחליט. לא מתכוונים שזה יקרה".
כעת, בצה"ל מחכים למינוי שר הביטחון הבא, שצפוי להיות חבר הכנסת יואב גלנט, ומצפים שהוא שיעמוד איתן אל מול הסחף המתגבר ללקיחת הסמכויות מהרמטכ"ל. אפשר להניח שגם הרמטכ"ל הנוכחי אביב כוכבי, וגם הרמטכ"ל המיועד הרצי הלוי, יסבירו את הדברים הללו לנתניהו בפגישתם הקרובה.