ארבעה ימים לאחר הפיגוע הרצחני באלעד, נתפסו הבוקר (ראשון) שני המחבלים – בפעולה משותפת של שב"כ, צה"ל ומשטרת ישראל. המחבלים שנמלטו, אסעד יוסף אסעד אלרפאעי, בן 19, וצבחי עמאד צבחי אבו שקיר, בן 20, נמצאו מותשים ועייפים באזור מיוער בין ראש העין לנחשונים, פחות מקילומטר מהמקום שבו ביצעו את הרצח המשולש. רה"מ נפתלי בנט אמר בפתח ישיבת הממשלה: "אמרנו שנשים יד על המחבלים, וכך עשינו".
שורה של ממצאים של כוחות הביטחון הובילו אותם לשטח שבו נתפסו לבסוף המחבלים: מאחר שלא נמצאו שום עקבות שלהם על גדר ההפרדה, ההערכה הייתה שהם נשארו באזור ולא חצו לגדה. בשעות האחרונות התחילו כוחותינו לסגור על השטח שבו ציפו שהמחבלים יהיו. מכיוון שהאזור מיוער וסבוך וקשה לסרוק בו, חלף זמן עד שהצליחו לאתר את מקומם המדויק.
סיקור נרחב של הפיגוע באלעד ב-N12:
- הותר לפרסום: המחבלים הגיעו לזירה באמצעות אחד הנרצחים
- אלמנת הנרצח שהסיע את המחבלים בלי שידע זאת: "כמה רוע, חוסו עלינו"
- טענו שבאו לשפץ בית כנסת והתנפלו עם גרזן: פרטים חדשים
מי שהובילה את הסריקות בשטח הייתה יחידת מִרעוֹל: אנשי מילואים של צה"ל שממומחים בניתוח פני השטח. הם שהצליחו להצביע על המקום שבו הם האמינו – וצדקו – שנמצאים המחבלים, עקב הממצאים שמצאו אתמול בלילה.
מי שהניחו את ידם על המחבלים הבוקר היו אנשי השב"כ וקצין ממגלן. הם זיהו תנועה חשודה מתחת לעץ, סגרו עליהם וקראו להם להסגיר עצמם. המחבלים יצאו עייפים, רעבים וצמאים, הם הרימו ידיים ונכנעו לכוחותינו ללא התנגדות. הקצינים הוציאו מהם הודאה בשטח.
שני המחבלים נחקרים בשטח בידי גורמי השב"כ כדי לחלץ מהם עוד מידע נחוץ, ובהמשך הם יילקחו לחקירת שב"כ ארוכה יותר.
טרם התפיסה הפעילו כוחות הביטחון לחץ מכוון בפעולות שנראות ונשמעות היטב, ממסוקים וטרקטורונים, כדי שהמחבלים יעשו טעות שתוביל לחשיפתם – מה שאומנם קרה.
"אמרנו שנשים יד על המחבלים, וכך עשינו", אמר ראש הממשלה נפתלי בנט בפתח ישיבת הממשלה. "הבוקר תפסו כוחותינו – משטרת ישראל והשב"כ, יחד עם לוחמים מיחידות מגלן, אגוז ומִרעול – את הרוצחים. המחבלים שטופי ההסתה שרצחו בגרזינים ובאכזריות בלתי נתפסת, נלכדו עלובים ליד מחצבה באזור. אני מברך שוב את השב"כ ואת העומד בראשו, את משטרת ישראל ואת העומד בראשה וכמובן את צה"ל והלוחמים כולם".
"תפיסת המחבלים אינה מספיקה כשלעצמה", המשיך בנט. "אנחנו בפתח שלב חדש במלחמה בטרור – אי אפשר להסית ולנוח. אי אפשר לזרוק גפרור ולברוח. המשימה העליונה של ממשלת ישראל היא השבת הביטחון האישי לאזרחי ישראל".
בנט הבטיח כי ממשלתו תקדם שני מיזמים למאבק בטרור: הראשון, הקמת משמר לאומי-אזרחי שיהיה מורכב מאנשי מילואים ולוחמי מג"ב, ויתוקצב על פי הבטחתו עד סוף החודש; השני, תוכנית לטיפול בסוגיית השוהים הבלתי חוקיים, תוך "מתן דגש בשלוש המ"מים: מסיעים, מלינים ומעסיקים".
"הודות לפעילות המשטרה, צה"ל והשב"כ, תם ונשלם המצוד אחר המחבלים", אמר מפכ"ל המשטרה, רב-ניצב יעקב שבתאי. "הפעילות האינטנסיבית מיד לאחר האירוע והצפת השטח במאות שוטרים ולוחמים יחד עם האמצעים שהפעלנו, אילצו אותם להסתתר בשטח והביאו אותנו למציאתם".
"אמרנו שלא נשקוט ולא ננוח עד שנשים עליהם את היד וכך היה", הוסיף המפכ"ל. "יידע כל מחבל שידה הארוכה של משטרת ישראל ומערכת הביטחון כולה תגיע לכל מי שיפגע באזרחי ישראל. אנחנו נחושים להמשיך במלחמה בטרור. אני מודה לכל הכוחות שפעלו ימים רצופים ללא שינה בסריקות נרחבות. תודה גדולה לשותפינו במערכת הביטחון, שעמדו לצידנו כתף אל כתף במאמץ המבצעי – שהשתלם הבוקר".
השר לביטחון הפנים עמר בר-לב אמר: "אני מברך את כוחות הביטחון על לכידת שני המחבלים שביצעו את הרצח באלעד. ביומיים האחרונים פעלו במשותף מיטב הכוחות במשטרה, בשב"כ ובצה"ל כדי להניח עליהם את היד, וכך אכן קרה. הפעילות האינטנסיבית בתוואי שטח מורכב ראויה לכל שבח. נמשיך לרדוף בנחישות אחר דורשי רעתנו כל העת, ובכל מקום, ונגיע אליהם".
הרמטכ"ל רב-אלוף אביב כוכבי שיבח את פעילות לוחמי צה"ל וכוחות הביטחון על המבצע המוצלח: "נוסיף לפעול לעצירת הטרור ולחיזוק הביטחון ותחושת הביטחון של אזרחי מדינת ישראל". גם שר הביטחון בני גנץ הודה לכוחות הביטחון.
מאידך, יו"ר עוצמה יהודית חה"כ איתמר בן גביר אמר בתגובה על לכידת המחבלים בחיים: "מחבלים הורגים במקום, לא תופסים אותם בחיים".
חקירת הפיגוע העלתה כי שני המחבלים יצרו קשר עם אורן בן יפתח ז"ל במוצאי יום העצמאות וביקשו ממנו שיסיע אותם לאלעד – בטענה שעליהם לעבוד בשיפוץ בית הכנסת ברחוב יהודה הנשיא. אורן, שלא ידע שהשניים חמושים בגרזן ובסכין, נענה לבקשתם – וכשהגיעו השלושה סמוך לבית הכנסת, הפתיעו אותו והחלו לדקור אותו. בשלב זה ניסה אורן בשארית כוחותיו להילחם ואף הצליח לפצוע את אחד מהמחבלים, אך לבסוף הם גברו עליו והמשיכו במסע הרצח האכזרי. השניים רצחו גם את בועז גול ואת יונתן חבקוק ז"ל.