המצב הביטחוני שהסלים על רקע חיסול הבכיר בג'יהאד בעזה ושהוביל לשיגור רקטות לגוש דן ודרומה תפס את המערכת הפוליטית בעיתוי רגיש במיוחד, ימים ספורים לפני פקיעת המנדט שניתן לגנץ להקים ממשלה. סיעות כחול לבן וישראל ביתנו מסרו הודעה משותפת שלפיה הפגישה שהייתה אמורה להיערך היום (שלישי) בין שני היו"רים של הסיעות – נדחתה למחר.
בתוך כך, פוליטיקאים רבים הגיבו להתפתחויות הביטחוניות. יו"ר כחול לבן בני גנץ, שקיבל הודעה על המבצע לפני שיצא לפועל, התייחס לאירועים הבוקר ואמר כי מפלגתו "תגבה כל פעילות נכונה למען ביטחון ישראל ותשים את ביטחון התושבים מעל לפוליטיקה". בציוץ בעמוד הטוויטר שלו כתב גנץ: "המאבק בטרור הוא מתמשך ומצריך רגעים של קבלת החלטות קשות. הדרג המדיני וצה"ל קיבלו החלטה נכונה הלילה למען ביטחונם של אזרחי ישראל ותושבי הדרום. ידע כל טרוריסט שמסכן את ביטחוננו שהוא בן מוות".
נשיא המדינה ראובן (רובי) ריבלין חיזק גם הוא את ידי האזרחים וכוחות הביטחון וקרא לחדול מ"התנגחויות פוליטיות". לדבריו, "לעיני ממשלת ישראל שאישרה את הפעולה עמד ביטחון ישראל ורק הוא בלבד".
"תחזקנה ידי כוחות הביטחון כולם, העמלים למען הצלחת הפעולה הבוקר כבר תקופה ארוכה", כתב הנשיא. "זהו לא זמן התנגחויות פוליטיות ואלה אינן מוסיפות כבוד לכל העוסק בהן- זאת השעה לחדול מהתבטאויות שכאלה מיד. אזרחי ישראל, אנא, היו קשובים להנחיות מצילות החיים של פיקוד העורף והישמרו לנפשותיכם מאוד".
בניגוד לדברי הנשיא, חבר הכנסת עומר בר לב (עבודה) תהה מדוע דווקא עכשיו אושר הסיכול הממוקד: "המרצח הא אבו אל-עטא הוא בן מוות. בשנה וחצי האחרונות היו מספר רב של הזדמנויות לחסל אותו כמו גם בכירים נוספים בג'יהאד ובחמאס אך הקבינט נמנע מלעשות זאת. מדוע שינה נתניהו את עמדתו דווקא עכשיו שבעה ימים לפני תום המנדט של ח"כ גנץ להרכיב ממשלה? והתשובה לצערי ברורה".
לעומת זאת, חבר הכנסת גדעון סער (ליכוד) בירך את נתניהו על הפעולה: "מברך את ראש הממשלה ושר הבטחון, צה״ל וכוחות הביטחון על ההחלטה לחסל את בהאא אבו אל-אטא וביצועה. עם ישראל מאוחד ברגעים אלה וראוי שאחדות זאת תבוא לידי ביטוי גם במערכת הפוליטית ותוסיף עוצמה לישראל. היעד הנדרש צריך להיות: פירוק התשתיות הצבאיות של החמאס והג׳יהאד האיסלמי בעזה".
ברשימה המשותפת תקפו את ההסלמה הנוכחית. היו"ר איימן עודה צייץ: "אדם ציני שהפסיד שתי בחירות ברצף ישאיר רק אדמה חרוכה בניסיון נואש להשאר בתפקידו. במשך עשור קם כל בוקר במטרה להעמיק את הכיבוש ולהרחיק את הסיכוי לשלום - וכך עשה גם היום".
ח"כ תומא-סלימאן כתבה: "הציניות והאכזריות של נתניהו לא יודעות גבול - הוא פותח במלחמה כתרגיל פוליטי. מוכרחים לעצור את האש עכשיו, לפני שנדרדר לעוד ועוד הרג".