מיד אחרי 7 באוקטובר הוחלט בדרג המדיני והצבאי של ישראל לבוא חשבון עם כל מי שהיה מעורב ברציחתם ובחטיפתם של מאות ישראלים. במערכת הביטחון הורכבה רשימת "איקסים" של בכירי חמאס - וישראל הפעילה מחדש את "דוקטרינת גולדה", שיישומה הוחל אחרי הטבח באולימפיאדת מינכן. מסע החיסולים הזה החל עשרה ימים לאחר המתקפה הרצחנית עם חיסולו של איימן נופל, והגיע לשיאו עם חיסולו של רב-המרצחים יחיא סינוואר, שנה ועשרה ימים לאחר פרוץ המלחמה.
איימן נופל
מפקד חטיבת מחנות המרכז ברצועת עזה, איימן נופל, חוסל ב-17 באוקטובר 2023, עשרה ימים לאחר מתקפת הפתע. נופל, שהיה בין מתכנני המתקפה, חוסל בסיכול ממוקד בתקיפה אווירית באל-בורייג'.
אחמד ע'נדור ואיימן סיאם
מפקד חטיבת צפון רצועת עזה, אחמד ע'נדור, וראש מערך הרקטות, איימן סיאם, חוסלו ב-10 בנובמבר 2023, חודש לאחר תחילת המלחמה. השניים נהרגו בתקיפה אווירית על מתחמים תת-קרקעיים של ארגון הטרור בג'באליה. בחודש שעבר דיווח צה"ל כי מתוצר לוואי של התקיפה נהרגו ב"סבירות גבוהה" גם החטופים סמל רון שרמן, רב"ט ניק בייזר ואליה טולדנו, שנחטפו לרצועת עזה ב-7 באוקטובר וגופותיהם הושבו לישראל בחודש דצמבר.
סאלח אל-עארורי
מספר 2 בלשכה המדינית של חמאס, סאלח אל-עארורי, חוסל ב-2 בינואר 2024, כמעט שלושה חודשים לאחר הטבח. אל-עארורי נהרג בסיכול ממוקד ברובע הדאחייה, מעוז חיזבאללה בבירה הלבנונית.
ראאד ת'אבת
ראש מטה כוח האדם של הזרוע הצבאית של חמאס, ראאד ת'אבת, חוסל במרץ 2024, כמעט חצי שנה לאחר מתקפת הפתע. ת'אבת, שהוגדר כחלק מ"העשירייה הראשונה" של חמאס והיה אחראי על מערכי המחקר, הפיתוח וההתעצמות, נהרג בעת שניסה לברוח מלוחמי צה"ל בבית החולים שיפא.
מרוואן עיסא
סגן ראש הזרוע הצבאית של חמאס, מרוואן עיסא, חוסל ב-11 במרץ 2024, חמישה חודשים לאחר תחילת המלחמה. עיסא, שנחשב למספר 3 בארגון, חוסל בתקיפה אווירית במחנה הפליטים נוסיראת.
מוחמד דף
ראש הזרוע הצבאית של חמאס, מוחמד דף, חוסל ב-13 ביולי 2024, תשעה חודשים לאחר מתקפת 7 באוקטובר. דף, שתואר כ"רוח רפאים" וניצל משבעה ניסיונות חיסול קודמים, חוסל יחד עם יד ימינו, מח"ט ח'אן יונס ראפע סלאמה, בביצוע מדויק של חיל האוויר במערב ח'אן יונס שבדרום הרצועה.
איסמאעיל הנייה
ראש הלשכה המדינית של חמאס, איסמאעיל הנייה, חוסל ב-31 ביולי 2024, כמעט עשרה חודשים לאחר תחילת המלחמה. הנייה נהרג מפיצוץ מטען חבלה שהוטמן במתחם ההארחה שבו שהה בטהראן. החיסול, שדרש חודשים של תכנון, בוצע במתחם שמנוהל על ידי משמרות המהפכה האיראניים.
יחיא סינוואר
מנהיג חמאס ברצועת עזה, יחיא סינוואר, חוסל ב-17 באוקטובר 2024, בדיוק שנה ועשרה ימים לאחר מתקפת 7 באוקטובר. סינוואר, אדריכל הטבח ההמוני, חוסל במהלך פעילות של לוחמי צה"ל ברפיח. החיסול התרחש בהיתקלות אקראית, ללא מודיעין מקדים, כאשר לוחמי צה"ל חיסלו שלושה מחבלים בתוך מבנה.
