השופטת מיכל אגמון-גונן, על דעת נשיאת בית המשפט העליון אסתר חיות ומנהל בתי המשפט ד"ר יגאל מרזל, הגישה בחודש האחרון תלונה רשמית ליועצת המשפטית לממשלה נגד שרת הפנים איילת שקד, בטענה כי השרה פעלה כדי לשבש הליכי משפט. על פי הנטען, שקד ביקשה מחברתם המשותפת לדבר עם השופטת ולהמליץ לה לשנות את פסיקותיה ביחס לאזרחים אוקראינים שנכנסים לישראל, וביחס לתיק של אוקראינית ספציפית אשר משרד הפנים דחה את בקשתה להיכנס לישראל.
היועמ"שית, שקיבלה את התלונה דרך מנהל בתי המשפט, סגרה את התיק במהירות שיא של 48 שעות. בהרב-מיארה הבהירה שאין בנטען שום דבר פלילי שמצדיק את התערבותה. כידוע, חקירה פלילית נגד שר דורשת, על פי חוק, אישור של היועצת המשפטית לממשלה ומשום כך התלונה הוגשה ישירות אליה ולא למשטרה.
שרת הפנים איילת שקד, שלא הכירה את התלונה שהוגשה נגדה, מסרה בתגובה לגלובס כי מעולם לא ביקשה דבר מהשופטת אגמון-גונן, ואף לא ביקשה מאף גורם שידבר איתה. בתגובתה חשפה שקד כי דווקא אגמון-גונן היא זו שפעלה בניגוד למצופה ממנה. לדברי השרה, כאשר רצתה אגמון-גונן להתמנות לבית המשפט העליון, היא פנתה ישירות לשרת המשפטים דאז איילת שקד ואף לחצה על ראש לשכת עוה"ד דאז אפי נוה.
על פי נוהלי נשיאת בית המשפט העליון - אסור לשופטים מכהנים לפנות לחברי וועדה, לראש לשכת עוה"ד ולשרת המשפטים ולהיפגש עימם כדי לשכנע אותם לתמוך בהם, מבלי לעדכן מראש ולבקש את אישור נשיאת בית המשפט העליון.
תגובת דוברת הרשות השופטת: "בניגוד לאמור בכתבה שפורסמה, השופטת אגמון גונן לא הגישה תלונה נגד השרה איילת שקד. השופטת אגמון-גונן ציינה בפתח דיון בתיק 389-04-22 בו דנה כי היו אליה פניות מצד גורם שלישי בנוגע לתיק, זאת לאחר שדיווחה לנשיאת בית-המשפט העליון ולמנהל בתי המשפט על פניות אלו והנשיאה העמידה את השופטת על חובתה לבצע גילוי נאות לצדדים בהליך שהיה תלוי ועומד בפניה. כפי שנמסר בעבר במענה לגלובס הובהר כי הנהלת בתי-המשפט תפעל לבירור העניין במישור המוסדי ובהמשך נמסר כי בדיקת הענין מוצתה. השופטת אגמון גונן נפגשה בעבר עם השרה שקד בעת שכיהנה כשרת המשפטים, בלשכתה, זאת באישורה של נשיאת בית המשפט, ובהתאם להסכמה שבין הנשיאה והשרה".