החשד לרצח רחל אייזנשטדט ז"ל: ממצאי החקירה מעלים שאף ראיה בזירה לא קשרה את גיא שפירא למעשה, ואם לא היה מודה ברצח אשתו ומשחזר אותו – לא היה ניתן להאשים אותו ברצח. בהספד מעל הקבר שעורר את חשד המשפחה, אותו פרסמנו הערב (חמישי) במהדורה המרכזית, אמר שפירא: "גרמתי לבן האדם היחיד שאהב אותי - לשנוא אותי. אני אשם בכל מה שקרה ואני מבקש סליחה".
מחקירת המשטרה עולה כי בזירה לא נמצאה אף ראיה שקושרת את שפירא למעשה, וגם במכתב התאבדות ששפירא כתב אין שום אזכור לרצח. במכתב, שנמצא במכוניתו אחרי שירה בעצמו לעיני השוטרים שניסו לחסום את דרכו, נכתב: "אני שונא את עצמי ומי שמתאבד חושב רק על עצמו. לכן התאבדתי". בהמשך הוא התייחס לדרך שבה היה רוצה לחלק את כספו ורכושו.
בחקירתו במשטרה, כשנשאל מה גרם לו לרצוח את רעייתו רחל, שפירא דיבר על זוגיות קשה שהייתה להם והוסיף: "חששתי שבהליך הגירושין היא תיקח ממני הכול- את הכסף ואת הרכוש, ותשאיר אותי בלי כלום". אחר כך הוא הוסיף: "לא חשבתי שהמשטרה כל כך יעילה, וקיוויתי שבגלל החג (סוכות) ייקח להם יותר זמן עד שיבינו את האירוע". כלומר - גיא שפירא קיווה שיספיק להתאבד עוד לפני שהשוטרים יגיעו אליו.
מהחקירה עולה כי שפירא ביים את הזירה כך שתיראה כאילו רחל שמה קץ לחייה במו ידיה, והוא אכן זומן לחקירה רק אחרי שהתקבלו תוצאות הנתיחה שלאחר המוות. למרות שניסה להתנהג כאחד האדם, הוא עורר את חשדם של בנותיה של רחל ובניו שלו עוד מהרגע הראשון. כבר בזירה אחת הבנות אמרה לחוקרות ש"צריך לקחת ממנו את הנשק".
דבר נוסף שעורר את חשדם של בני המשפחה הוא ההספד שנשא שפירא מעל קברה הטרי של רחל. "תמיד חשבתי על עצמי כאיש קר רוח וחזק, אבל האמת שהייתי פשוט קר", אמר בדמעות. "גרמתי לבן האדם היחיד שאהב אותי - לשנוא אותי. אני מבקש מכולכם סליחה ומחילה".
מוקדם יותר היום התיר בית משפט השלום בירושלים את פרטי החקירה שמתנהלת למעלה משבועיים במחוז ש"י. על פי החקירה, שפירא דיווח שמצא את גופתה של רחל ז"ל כשהיא בתוך אמבטיה מלאה, מתבוססת בדמה, עם חתכים בידה.
רחל אייזנשטדט ז"ל, בשנות ה-50 לחייה, עבדה ב"יד ושם", והייתה נשואה בפעם השנייה. לבני הזוג ילד משותף בן 14, ולרחל 6 ילדים מנישואיה הקודמים. הבעל החשוד ברצח הוא עובד הייטק ששירת בעברו כקצין קבע בצה"ל.
ההערכה הראשונית הייתה שרחל התאבדה, אך לאחר נתיחה במכון לרפואה משפטית באבו כביר התברר כי היא נחנקה למוות. צוות חקירה מיוחד הוקם במחוז, וכשניסו לאתר את שפירא גילו כי הוא נמלט לדרום. כשאיתרו אותו באמצעות איכון אותות מהטלפון הנייד שלו, פרסו מחסום דוקרנים על הכביש שבו נסע. כאשר הבחין בדוקרנים הוא ניסה לפרוץ אותם, אבל נאלץ לעצור לאחר שצמיגי המכונית נוקבו.
כשהשוטרים התקרבו אל מכוניתו, שפירא יצא ממנה וירה בעצמו, והוא אושפז במצב קשה בבית החולים סורוקה. לאחר טיפול בבית החולים וכאשר שב להכרתו, החוקרים הציגו לו את ממצאי החקירה. הוא שפירא הודה במעשה, ואף הגיע עם החוקרים לבית ושחזר אותו.