סטודנטים באוניברסיטת תל אביב קיימו הבוקר (חמישי) הפגנת תמיכה והזדהות עם המחבלים שחוסלו בשכם, שבה גם קראו לאינתיפאדה. את ההפגנה, שהתקיימה מחוץ לאוניברסיטה, הובילו פעילים מתא מפלגת חד"ש שלומדים בקמפוס. פעילי "אם תרצו" שהגיעו למחות על מפגן ההסתה בכניסה לאוניברסיטה, תיעדו את הקריאות.
במהלך ההפגנה נצפו הסטודנטים מתא חד''ש בקריאות בעד המחבלים, השהידים וביצוע אינתיפאדה: ''משכם יצאה ההחלטה - אינתיפאדה וניצחון''. '' הו, אימו של השהיד, תשמחי, כל השבאב הם הבנים שלך. הו, אימו של האסיר, תשמחי, המוות עדיף על השפלה''. ''שהיד, תנוח, אנחנו ממשיכים במאבק...אחדות עם פלסטין בשיבת כל הפליטים, אחדות עם פלסטין בסילוק כל הכובשים''.
שי רוזנגרטן, ראש אגף פעילים ארצי בתנועת אם תרצו, התייחס להפגנה: ''העובדה שבכניסה לאוניברסיטת תל אביב נשמעות קריאות בעד שהידים ואינתיפאדה, ונשיא האוניברסיטה לא טורח בכלל לצאת ממשרדו ולסלק את המפגינים - היא אות קין וכניעה מבישים".
"אם מישהו מלכלך את הכניסה לבית שלך אתה אומר שאתה לא אחראי על הכניסה?", הוסיף שי. "חלון הראווה של אוניברסיטת תל אביב הפך להיראות כמו מפגן טרור באמצע ג'נין. מגיע לסטודנטים באוניברסיטת תל אביב נשיא שידאג לשמור על ביטחונם. איך אפשר ללמוד בכיתה לצד מי שאומרים ''נמשיך את מאבק השהיד''? מה קורה פה?''.
בחודש מאי, פרצו עימותים אלימים באוניברסיטת תל אביב בהפגנה לציון יום הנכבה. בתיעוד מהמקום נראו מפגינים ערבים, שהסתובבו עם דגלי פלסטין והתעמתו עם מפגינים יהודים מתנועת "אם תרצו" שהגיעו למקום. כוחות משטרה הגיעו למקום, פיזרו את ההפגה ועצרו 3 מפגינים ממוצא ערבי.
כמה ימים אחרי, שתי מחאות התקיימו זו מול זו באוניברסיטת בן-גוריון בבאר שבע. בצד אחד המפגינים ציינו את יום הנכבה ומחזיקים דגלי פלסטין, ובצד השני - מחאה נגדית עם דגלי ישראל. ראש עיריית באר שבע רוביק דנילוביץ' זעם על הכנסת דגלי פלסטין למוסד האקדמי ועל הקריאות בהפגנה: "בושה, זה מזעזע".
במכתב שמיען אל נשיא האוניברסיטה, פרופ' דניאל חיימוביץ', כתב דנילוביץ': "קיבלתי עכשיו סרטון מזעזע מתוך הקמפוס של אוניברסיטת בן-גוריון בנגב, כאן במדינת ישראל, ולא יכולתי להישאר אדיש. דגלי פלסטין מונפים בגאווה ושירי הלל לאויבי ישראל, שכל רצונם הוא להשמידה. אוניברסיטת בן-גוריון בנגב היא חלק מהעיר באר שבע וממדינת ישראל, אל לה לשדר רפיסות ואסור לה להסכים לכך".
באוניברסיטת תל אביב בחרו שלא להגיב לידיעה.