סמוך ל-5 לפנות בוקר פשטו לוחמי הקומנדו הימי על הספינות מחוץ למים טריטוריאליים של ישראל. בזמן הפשיטה על אחת הספינות, העניינים החלו להסתבך. החיילים שעלו בעיקר עם רובי צבע, ועם אקדחים לשעת חירום, הותקפו באמצעות סכינים, אלות ובאש חיה. כדי להתגונן פתחו חיילי צה"ל בירי, שממנו נהרגו לפחות עשרה פעילים