כמו כל כוכב נוער בימינו, גם שון מנדס נאלץ להתמודד עם גל שמועות סביב נטייתו המינית. כבר מאז הפריצה שלו, הזמר בן ה-20 הצהיר שהוא לא נמשך לגברים ואפילו חשף בפני התקשורת כמה מבנות הזוג שהיו לו. למרות זאת, המעריצים המשיכו לטעון שהוא מסתיר את היותו הומוסקסואל, בעיקר בגלל הניואנסים הנשיים בהתנהגותו.
בראיון מיוחד שהעניק למגזין רולינג סטון, שון אמר שהוא הושפע לא מעט מההתעסקות הזאת בו ושבמשך שנים הרגיש צורך להוכיח את המשיכה שלו לבנות, "אני רוצה להגיד שלא אכפת לי מזה, אבל זה לא נכון. היה דיבור חזק על היותי גיי במשך חמש השנים האחרונות. עמוק בליבי האמנתי שאני צריך להיראות עם בחורה בציבור כדי להוכיח, ואני שנאתי את זה".
בהמשך שון התייחס לשמועות על הקשר שלו עם הדוגמנית היילי ביבר (בולדווין לשעבר). חודשים ספורים לפני שנישאה לג'סטין ביבר, היילי ושון נצפו מבלים יחד מספר פעמים והמעריצים היו בטוחים שמדובר ברומן חדש. שון טען שהם בסך הכל חברים טובים. מאז היילי התארסה לג'סטין ומדורי הרכילות הפסיקו לעסוק באותו סיפור. בראיון החדש שון הודה שכן התנהל בין השניים רומן, והוסיף שהעניינים לא הספיקו להתפתח ביניהם, "אני לא יודע איך לקרוא לזה, אני חושב שזה היה תקוע בשלב ביניים".
שון סיפר שלמרות תחושת הפספוס על הקשר ביניהם, הוא שלח להיילי הודעת "מזל טוב" כששמע שהתארסה לג'סטין. אחר כך אמר: "אני מאוד שמח בשבילם. היא אחת הנשים המגניבות בעולם. היא לא רק יפה מבחינה חיצונית, יש לה את אחד הלבבות היפים שהכרתי".
בהמשך הראיון שון אמר שהוא מודע לכך שלעיתים הוא מתנהג בצורה נשית ושהוא גאה בכך כי זה מה שמייחד אותו. הוא סיפר על הפעם שחברתו טיילור סוויפט העלתה לרשת סרטון בו היא מאפרת אותו. למרות שהסכים לעשות זאת, שון נלחץ מהתגובות שיגיעו בעקבות השיתוף של אותו הרגע האינטימי.