הכנסות המדינה ממיסוי על רכב פרטי גדולות משמעותית מהעלויות למדינה של הנזקים הסביבתיים של כלי הרכב. כך עולה ממחקר חדש להערכת העלויות החיצוניות של זיהום האוויר מתחבורה, שנכלל בדו"ח השנתי החדש של מינהל הכנסות המדינות. הדו"ח קובע כי כמה נתוני יסוד, שעל פיהם מבוססות המלצות "וועדת המיסוי הירוק" בתחום הרכב, עשויים להיות מוטעים.
כך, למשל, מעריך הדו"ח כי העלות החיצונית למשק של פליטת כלי הרכב שמורכבת מעלות הנזקים הבריאותיים, הסביבתיים והתשתיתיים - עומדת על 1.2% בלבד מהתוצר, שהם כ-7.5 מיליארד שקל לשנה נכון לשנת 2006. זאת לעומת חישוב וועדת המיסוי הירוק, שקבעה כי עלות ההשפעות החיצונית כפולה כמעט ועומדת על כ-2.1% מהתוצר (נכון לשנת 2004).
מינהל ההכנסות מבסס את חישוביו על שתי שיטות חישוב חלופיות להערכת נזקי הרכיבים המזהמים השונים של פליטת כלי הרכב, שמקובלות בעולם, אחת מהן מקלה והשנייה מחמירה. גם על פי שיטת החישוב המחמירה, עלות הנזקים החיצוניים של כלי רכב פרטיים גבוהה מסך ההכנסות ממסי רכב.
לעומת זאת, טוענים מחברי הדו"ח כי דווקא תחום המשאיות, האוטובוסים והרכב הכבד, שבו נמנעה כמעט הוועדה מלהטיל מיסוי ירוק, קיים פער משמעותי בין עלות הנזקים החיצוניים למדינה לבין המיסוי, שמוטל עליהם ולפיכך לא מושגת הפנמה של הנזקים . על פי נתוני הדו"ח בשנת 2006 הרכבים הכבדים היוו 18% מצי הרכב בישראל וכ-32% מהנסועה הארצית. אולם הם היו אחראים לכ-68% עד 87% מעלות הזיהום.
הדו"ח קובע כי בעוד שמשאית ממוצעת גרמה למשק עלות זיהום של כ-11 עד 16 אלף שקל לשנה, המס ששולם על ידי בעל המשאית במשך כל השנה היה כ-9,500 שקל בלבד. לעומת זאת בעל רכב פרטי ממוצע אשר גרם למשק עלות זיהום של כ-500 עד 1300 שקל, שילם מס שנתי של כ-9400 שקל. עלות המס כוללת גם את הבלו על הדלק שנצרך. מחברי הדו"ח ממליצים לשקול להעלות את מס הקנייה על רכבים כבדים לשיעורים גבוהים יותר ו/או לבטל את ההקלה בבלו על סולר, שממנה נהנים בעלי הרכבים הכבדים.
