"השלמת העבודה על הקו המזרחי של השפד"ן, בעלות של 650 מיליון שקל, תאפשר בנייה של 100 אלף יחידות דיור במזרח גוש דן, בקעת אונו, פתח תקווה וראש העין", כך אמר יו"ר איגודן (איגוד ערים דן), איתי פנקס. לדבריו, עד להשלמת הקו לא ניתן היה לאשר תוכניות בנייה רבות באזור בשל העדר פתרון הולם לסילוק שפכים. מעתה מכשלה זו הוסרה לחלוטין.
אורך הקו המזרחי של השפד"ן, המטפל בשפכים של 700 אלף תושבים הוא 25 ק"מ, מראש העין ועד למתקן השפד"ן בראשון לציון. 15 ק"מ מהקו עובר במנהרה בעומק של 42 מטר. לאורך הקו פועלות שלוש תחנות שאיבה גדולות, הפועלות בספיקה של עד 12 אלף מ"ק לשעה.
תפקיד הקו לאסוף את שפכי הישובים ממזרח לכביש גהה, ביניהם ראש העין, פתח תקווה, גני תקווה, גבעת שמואל, קריית אונו, כפר אז"ר, אור יהודה, יהוד, רמת אפעל, יישובי עמק לוד, חולון וראשון לציון ולהעבירם לטיהור במתקן השפד"ן. לאחר הטיהור מוחדרים הקולחים לקרקע ומשם מועברים להשקייה חקלאית בנגב.
הקו החדש שתוכנן עוד בשנות התשעים אמור לשמש כגיבוי למערכת השפכים של גוש דן ולמנוע את הזרמת השפכים לים במקרה של תקלה. יש לציין, שאם הקו המזרחי היה נבנה במועדו, ניתן היה למנוע את הזרמת השפכים לים בעת התקלה הגדולה בצינור השפד"ן בחורף 2001. בעקבות תקלה זו נאלצה הנהלת השפד"ן להתפטר לאחר שהואשמה בהזנחת הקו.
כאמור העבודות על הקו המזרחי של השפד"ן החלו ב-2004. העיכוב בעבודות נגרם בשל קשיים סטטוטוריים והתנגדות רשויות וישובים להעברתו בתחומן. הקו יצא לדרך רק בעקבות התערבות ראש הממשלה דאז, אריאל שרון.