הופעת הבכורה של קטן בליגה הבכירה הייתה לפני קצת פחות מ-15 שנים, ב-12 בספטמבר 1998. מכבי חיפה פיגרה במשחק הביתי מול בית"ר ירושלים, הנער בן ה-17 וחצי נכנס במקומו של חיים סילבס בדקה ה-63 ועזר לחבריו לצמק ל-4:2.
שבועיים לאחר מכן, הגיע אחד מרגעיו הגדולים של קטן בקריירה המפוארת. אחרי 1:1 במשחק החוץ מול פאריס סן ז'רמן, מכבי חיפה רק רצתה 0:0 ביתי כדי לעלות לשמינית גמר גביע המחזיקות. בדקה ה-60 קייסי נתן יתרון, אך ניקולה אאודק השווה בדקה ה-72 וגרם לדושאן אוהרין להקים מהספסל את קטן. כבר לאחר דקתיים פרץ הנער הצעיר בצד שמאל, מסר כדור גדול לאלון מזרחי שקבע 1:2, בדרך ל-2:3 מטורף ודרמטי בתוספת הזמן.
עוד שבועיים חלפו, וקטן התכבד בשער הליגה הראשון שלו בכרמל. הירוקים פיגרו 1:0 בבית מול כפ"ס, אך חרזי ובניון הפכו ובדקה ה-74 הגיע תורו של יניב קטן לכבוש מקרוב ולחגוג שער בכורה, הראשון מבין 113 שעריו במדי מכבי חיפה.
בעונת 2000/1 זכה קטן באליפות הראשונה שלו עם קבוצת הבוגרים, אליפות שסיימה בצורת של שבע שנים עבור הירוקים. באוגוסט 2001, במשחק הגומלין מול האקה הפינית, כשכבר ברור לכולם שליברפול מחכה לחיפה בשלב הבא במוקדמות הצ'מפיונס, כבש קטן שלושער בדרך ל-0:4. לצערו, וואליד באדיר שותף שלא כחוק והמשחק נפסל.
שמונה חודשים לאחר מכן, הגיע השלושער השני של קטן, והפעם הוא לא נמחק. קטן כבש שלוש פעמים לרשת של מכבי נתניה בדרך ל-2:6 ענק, עוד ניצחון גדול בעונת האליפות השנייה שלו עם הירוקים. לאחר אותה אליפות הגיע רגע שיא נוסף: השתתפות בשלב הבתים של ליגת האלופות, כולל שער באולד טראפורד מול מנצ'סטר יונייטד, שער נוסף נגד שחקניו של פרגי בקפריסין ועוד אחד ב-3:3 מול אולימפיאקוס.
משחק השיא של קטן היה בעונת 2008/9, ב-0:1 על הפועל ת"א במחזורי הסיום. כוכב הירוקים קיבל ציון 10 בלא מעט כלי תקשורת, כשהיה הטוב על המגרש ואף כבש את שער הניצחון שנחשב גם לשער האליפות.
קטן כבש 78 שערי ליגה, 15 שערים באירופה, 10 שערים בגביע המדינה ועוד 10 שערים בגביע הטוטו. מלבד הקריירה המפוארת בחיפה, שיחק קטן חצי עונה בווסטהאם לצד יוסי בניון. בסך הכל זכה בשבע אליפויות עם מכבי חיפה, פעמיים בגביע הטוטו והגיע עם הירוקים פעמיים לשלב הבתים בליגת האלופות, פעם אחת לשלב הבתים בליגה האירופית ופעם אחת לשלב הבתים בגביע אופ"א. בנוסף, זכה לשחק ברבע גמר גביע המחזיקות ובשמינית גמר גביע אופ"א.
