משטרת ניו-יורק נשלחה לביתו של מאמן הניו-יורק ניקס והנשיא לשעבר, אייזיאה תומאס, אחרי שיחת טלפון שטענה כי תומאס לקח מנת יתר של כדורי שינה. שחקן העבר הובהל לביה"ח, אך נכון לעכשיו לא ברור מצבו.
תומאס פוטר מהניקס ב-18 לאפריל על ידי הנשיא החדש, דוני וולש, שסיים את השנתיים הנוראיות בהן עמד אייזיאה על הקווים במדיסון סקוור גארדן. הניקס סיימו את העונה שעברה עם מאזן עלוב של 29:53, ובסה"כ בשנתיים שלו בקבוצה השיג תומאס מאזן של 56:108 מאז שהחליף את לארי בראון.
וולש, בכל אופן, החליט להשאיר את תומאס במערכת ומינה אותו לתפקיד היועץ. מהרגע שאייזיאה נכנס לניקס הקבוצה העפילה רק פעם אחת לפלייאוף, והפסידה לנטס בסיבוב הראשון בעונת 2004.
בעונת 2006/7 הניקס היו בתקופה טובה תחת הדרכתו של תומאס, שזכה בעקבות כך להארכת חוזה לשנתיים נוספות, צעד שבניקס יצטערו עליו לאחר מכן.
במשך תקופתו בניו יורק, תומאס לא זכה למשב רוח גבית מהאוהדים שקראו לפיטוריו כמעט מדי משחק.
תומאס זכור גם מקריירת המשחק הנפלאה שלו בה כיכב בדטרויט פיסטונס ואף הוביל אותה לאליפות.