סוף סוף הרוחות בעולם נושבות בכיוון אחר. דו"ח הוועדה הכלכלית-חברתית של האו"ם למערב אסיה (הכוללת 18 מדינות ערביות), המאשים את ישראל במדיניות אפרטהייד גזענית נגד הפלסטינים, הוסר מאתר הוועדה. דובר האו"ם הסביר ש''הדו"ח כפי שהוא אינו משקף את עמדת המזכיר הכללי''. ההשוואה לאפרטהייד גם נדחתה על ידי הסנאט האמריקאי שהאשים את האו"ם בעיסוק אובססיבי בישראל. יתכן והאו''ם יאמץ גישה מאוזנת יותר בעתיד, אולם יש צורך להבין את ראשית המשוואה בין ישראל לאפרטהייד.
כאשר פעילים פרו-פלסטינים השתעשעו ברעיון לקשר בין ישראל ודרום אפריקה תחת האפרטהייד, חוקרים מאוניברסיטת בן גוריון סיפקו את הלגיטימציה האקדמית למשוואה. בימים הקרובים, כשחבר הנאמנים של אוניברסיטת בן גוריון מתכנס לדון בהישגי האוניברסיטה, כדאי שידון גם ב"הישג" זה.
אורן יפתחאל, פרופסור במחלקת הגיאוגרפיה באוניברסיטת בן גוריון, הוא ללא ספק הארכיטקט האינטלקטואלי של המשוואה. בשנת 2002, כאשר שלח למגזין ''פוליטיקל ג'יאוגרפי'' מאמר שתיאר את ישראל כ''מדינה שמתמקדת בהתרחבות ושליטה של קבוצה אתנית אחת" והגיע למסקנה שחברה כזו "אינה יכולה להיות מסווגת כדמוקרטיה", הופתע כשמאמרו הוחזר עם הסבר לפיו המגזין לא יכול לקבל מאמרים מישראל. לאחר דיון ממושך, המגזין ניאות לקבל את המאמר בתנאי שיפתחאל יערוך "תיקונים משמעותיים" הכוללים השוואה בין ישראל והאפרטהייד בדרום אפריקה. יפתחאל הסכים, ומאז הוא רוכב על הצלחת חקר ה"אפרטהייד הישראלי" בדרך לתהילה בקרב קהילת הגאוגרפיה הפוליטית בעולם. מייקל קרייג הדסון, לשעבר מנהל המרכז ללימודי מדינות ערב באוניברסיטת ג'ורג'טאון וחוקר הידוע כאנטי-ישראלי, הוקיר תודה ליפתחאל על תרומתו והעניק לו מדליה ב-2012.
ניב גורדון, פרופסור במחלקה לפוליטיקה וממשל באוניברסיטת בן גוריון, הוא חוקר נוסף שהפיץ את אנלוגיית "האפרטהייד הישראלי". גורדון הינו פעיל פוליטי במשך שנים רבות, שהחל את דרכו כמנהל "רופאים לזכויות אדם - ישראל", ארגון אשר גונה על ידי מגן דוד אדום. ב-2004 גורדון עבד כחוקר אורח באוניברסיטת ברקלי במחלקה ללימודי המזה"ת, אשר ידועה כאנטי-ישראלית, וזו סיפקה לו תמיכה. שם הוא כתב את ספרו "הכיבוש הישראלי". אליבא דגורדון, ניתן למצוא רק "הבדל קטן" בין ישראל למשטר האפרטהייד בדרום אפריקה, והוא "שבגדה המערבית לא נחקק חוק ליישום פרקטיקה זו, ולא אומצה החלטה רשמית של הממשלה". ההיגיון של גורדון הביא אותו בשנת 2009 לפרסם מאמר שקורא לחרם נגד ישראל ב"לוס אנג'לס טיימס" בו הוא טען ש"הדרך המדויקת ביותר לתאר את מדינת ישראל היא כמדינת אפרטהייד".
עידן לנדו, מרצה בחוג לספרות ובלשנות באוניברסיטת בן גוריון, פירסם בשנת 2007 מאמר שעוסק במטרות החרם האקדמי. הוא כתב כי "סוגיית החרם האקדמי על ישראל מעלה לכל היותר שאלות פרקטיות. לאחר שמקלפים את שכבות העלבון, הזעם הקורבני ותרגילי הסחת הדעת השגורים, לא נותר בדברי המתנגדים לחרם טיעון עקרוני אחד, המערער על תוקפה המוסרי של סנקציית החרם האקדמי נגד מדינת ישראל ומשטר האפרטהייד שהיא הנהיגה בשטחים".
שרי אהרוני מהתכנית ללימודי מגדר באוניברסיטת בן גוריון כתבה מאמר משותף ב-2015 שתמך בחרם חלקי נגד ישראל, בו נטען כי "תנועת החרם שנשענת על שפה של חופש וצדק, ממסגרת את הכיבוש הישראלי כהצהרת שליטה של ציונות קולוניאליסטית אשר עם השנים הופכת למדיניות אפרטהייד ממוסדת הנסמכת על לאומנות ואפליה אתנית". אולם עבור אהרוני ושות', "חרם אקדמי הוא חרב פיפיות" משום ש"חרם יגרום לחוקרים בין-לאומיים להימנע משיתופי פעולה עם חוקרים ישראלים שמתנגדים לכיבוש", שהרי אלה "עם הזמן מושתקים ומודרים בתוך האקדמיה הישראלית". היא ושותפתה אף אישרו ש"אלה שתומכים בחרם אקדמי ותרבותי נגד ישראל טוענים שמוסדות להשכלה גבוהה משרתים את הכיבוש. זה כמובן נכון מבחינה כלכלית".
אל מול התנהלות "האקטיביסטים" לא נשמעה התנגדות מצד הנהלת אוניברסיטת בן גוריון. אולם, כאשר ועדה בינלאומית מטעם המועצה להשכלה גבוהה דרשה מהאוניברסיטה לשים גבולות לסגל האקטיביסטי-רדיקלי ואיימה לסגור את המחלקה לפוליטיקה וממשל, נשיאת האוניברסיטה ודיקן הפקולטה למדעי הרוח גייסו את הקהילה האקדמית הבינלאומית למחאה.
אוניברסיטת בן גוריון בפרט והאוניברסיטאות הישראליות בכלל חייבות להכיר בתפקידם המרכזי של חוקרים ישראלים בהענקת לגיטימציה לאנלוגיית "ישראל כמדינת אפרטהייד" המשמשת הצדקה אינטלקטואלית לתנועת החרם. ראשי תנועת החרם מברכים על שיתוף פעולה זה עם חוקרים ישראלים משום שאלה הודפים האשמות בדבר אנטישמיות. במובן זה, יפתחאל, גורדון ואחרים משמשים כגלגול העכשווי של "האידיוטים השימושיים" של לנין.
ד"ר דנה בָּרנֶט היא מנכ"לית ''מוניטור האקדמיה הישראלית''. המאמר מבוסס על מחקרה ''פוסט-ציונות והאוניברסיטאות הישראליות: הקשר האקדמי-פוליטי''