פיילוט המאגר הביומטרי יחל לפעול בעוד שבועיים. אזרחים שמעוניינים בכך יוכלו לפנות למדינה ולבקש תעודת זהות דיגיטלית, המכילה טביעות אצבע וצילום פנים באיכות ביומטרית. כך עולה מדיווח של תמר ירושלמי באתר גלי צה"ל.
הצעת החוק השנויה במחלוקת להקמת הפרויקט אושרה בכנסת עוד בשנת 2009, אך הניסוי התעכב בגלל עתירה שהוגשה ב-2012 על ידי פרופ' קרין נהון מביה"ס למידע באוניברסיטת וושינגטון ודורון אופק, מומחה לאבטחת מידע, יחד עם התנועה לזכויות דיגיטליות והאגודה לזכויות האזרח. בעתירה נטען כי המאגר הביומטרי אינו הכרחי לצורך הנפקת תעודות חכמות או ביומטריות, מהווה פגיעה חמורה בפרטיות ודליפתו תגרום לנזק בלתי הפיך.
העתירה היתה מגובה גם במאבק ציבורי עיקש נגד הפעלת המאגר, בגלל הסכנה לפריצתו או דליפתו. עיקר הסכנה, לטענת המבקרים, היא שהמאגר מכיל פרטים ביולוגיים שמזהים באופן מוחלט את האדם שמאחוריהם, ולכן יכולים לשמש ארגוני טרור ופשיעה, ואפילו לעמוד בבסיס שימוש לא ראוי של רשויות האכיפה והחוק. בג"צ דחה את העתירה, אולם הפך את פתיחת המאגר ל"פיילוט" או "ניסוי וולונטרי", במטרה לבחון את נחיצות המאגר ואת אופן השימוש בו.
מרשות האוכלוסין וההגירה נמסר: "הפיילוט בשלבי היערכות אחרונים לקראת העלייה לאוויר, אך לא נוכל למסור תאריך מדויק".
במסגרת הניסויי, שמטרתו לזהות את תושבי ישראל באמצעות כרטיסים חכמים ביומטריים, יילקחו תמונת הפנים ותמונות שתי טביעות האצבעות המורות מאזרחים שייתנו את הסכמתם לכך. הנתונים אמורים להישמר במאגר מיוחד במשרד הפנים באופן מוצפן, ולפי טענת המדינה, לא ניתן יהיה לחבר בין הנתונים הביומטרים לבין שמו של תושב, אלא רק למספר תעודת הזהות שלו. בתום שנתיים ייבחנו השלכות המאגר והסכנות הטמונות בו ויוחלט האם להקים מאגר כלל ארצי שיחייב את כלל תושבי המדינה.