ממשטרת יוון נמסר כי המציתים פרצו לבית הכנסת בסביבות 3:00 לפנות בוקר דרך דלתו האחורית. הם ערמו את ספרי התפילה והמסמכים על הבמה, ואז הבעירו אותם.
בשל השעה המאוחרת שבה התרחש האירוע, לא היו במקום מתפללים ולא נפגע איש. מי שהבחין באש שאחזה בבית התפילה, שהוקם במאה ה-19, היה שוטר שערך באותה השעה סיור והזעיק למקום את כוחות ההצלה. לפי שעה, טרם נלכדו חשודים במעשה.
הקהילה היהודית בקורפו מונה כ-100 איש. בשנה שעברה היווה בית הכנסת באי כרתים מטרה לפגיעה דומה, ומאות ספרים נדירים שהיו בו נפגעו גם כן מהצתה.