בזמן שההסלמה בדרום נמשכת, קיימו בצהריים ראשי מערכת הביטחון ישיבה מיוחדת של הערכת מצב – שבסיכומה הטיל שר הביטחון, אהוד ברק, את האחריות המלאה להתרחשויות האחרונות על שלטונות חמאס ברצועה והביע צער על מות החיילים המצריים בתקרית בגבול הדרום – בניסיון להרגיע את הרוחות הסוערות בקהיר סביב הסוגיה.
פרט לברק, השתתפו בישיבה גם הרמטכ"ל, רב-אלוף בני גנץ, ולפי הודעת דובר צה"ל – גם "גורמי מודיעין וביטחון". עוד נכתב בהודעה כי שר הביטחון "קיבל עדכון על תמונת המצב ונתן הנחיות להמשך. הוא רואה בחומרה רבה את הפיגוע הקשה ביום חמישי, שכוון נגד אזרחים בתחומי מדינת ישראל".
באשר לאחריות חמאס וארגוני הטרור העזתיים, אמר ברק כי "הפיגוע יצא מהרצועה. רוב המבצעים נהרגו והאחראים הבכירים לשילוחו חוסלו זמן קצר לאחר הפיגוע. צה"ל מכה קשות ביומיים האחרונים באחראים לפיגוע בדרום ופועל ביעילות נגד שיגורים מהרצועה להגנת אזרחי המדינה".
על ההאשמות במצרים והאיומים להשיב את השגריר בתל אביב לקהיר, שבינתיים ירדו מהפרק, אמר שר הביטחון: "ישראל מצרה על מותם של השוטרים המצריים במהלך הפיגוע בגבול ישראל-מצרים. הנחיתי לקיים תחקיר צה"לי ובעקבותיו לערוך בדיקה משותפת עם צבא מצרים לבירור נסיבות האירוע. בהתאם לתוצאות התחקיר - יופקו המסקנות המתאימות".
שר הביטחון הוסיף והדגיש כי "להסכם השלום בין ישראל למצרים יש חשיבות רבה וערך אסטרטגי גדול ליציבות במזרח התיכון".