כשנה וחצי לאחר שחשפו פרשני חדשות 2 אמנון אברמוביץ' ורוני דניאל, את מה שיכונה לימים "מסמך הרפז", הועברה בשעות הצהריים טיוטת דוח מבקר המדינה שחקר את הפרשה. שר הביטחון אהוד ברק שקיבל לידיו את טיוטת המסמך הביע שביעות רצון מתוכנו, ובלשכתו ציינו כי "אסור שדפוסי פעולה המטילים קלון על ערכי צה"ל יחזרו על עצמם". הרמטכ"ל לשעבר אשכנזי בחר שלא להגיב לתוכן הטיוטה, עד לפרסום הדוח המלא, וציין כי "השמחה מלשכת ברק נראית מוגזמת ולא ראויה".
בטיוטת הדוח נמתחת ביקורת על הרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי ושר הביטחון אהוד ברק. ביקורת נמתחת גם על לשכתו של אשכנזי, כמי שחיפשה לכאורה חומר מכפיש על שר הביטחון. הרמטכ"ל לשעבר רא"ל גבי אשכנזי קיבל גם הוא את טיוטת הדוח ואמר כי "מטבע הדברים, טרם העיון בדוח, לא תימסר כל התייחסות בעניין, והשמחה המופגנת מלשכת ברק נראית מוקדמת, מוגזמת ולא ראויה כלל נוכח הארוע בכללותו".
במשרד הביטחון הדגישו כי "בשלב הטיוטה, לא ניתן לשתף את הציבור בפרטיה. הם יבואו ויפורסמו, ככל שניתן, בדוח המלא. שר הביטחון מצר על ההתרחשויות הקשות שהביאו לכתיבתה - אך מרוצה מאוד מטיוטת הדוח וממה שכתוב בה".
"מבקר המדינה וצוות הביטחון השכילו להעמיק גם בנושאי התנהלות ותהליכים כאלה ואחרים, אך בעיקר ובמובחן במהות, המוכרת למי שעקב אחרי הפרסומים בתקשורת בשנה האחרונה: שרשרת מעשים והתרחשויות חמורים ביותר שתכליתם הנגלית - לשבש סדרי שלטון ומשפט", הדגישו בלשכתו של שר הביטחון.
"דפוס הפעולה של מזייפי ומפיצי המסמך פוגע בצה"ל"
עוד הוסיפו בלשכת ברק כי "מהתמונה הידועה לציבור מזמן, עולה קיומה בעת האירועים של תת תרבות ארגונית מסוכנת, שבה חבורה מצומצמת מאוד בצמרת צה"ל בסיוע מספר אזרחים (שפעלו בלא סמכות כלשהיא), פועלת כנגד הדרג המדיני הממונה עליו וכנגד פקודים שלו עצמו בדרכים חמורות ולא ראויות. וייתכן ועדיין בפנינו רק קצה הקרחון".
"אסור שדפוסי הפעולה הללו (שלא ניתן לפרטם כעת) - הממיטים קלון על עולם הערכים ונורמות הפיקוד של צה"ל, יחזרו על עצמם. יש להתנער מהם במפורש ולעקרם מהשורש - וכך נעשה", הבהירו.
"דפוס הפעולה של מזייפי ומפיצי המסמך פוגע בצה"ל. מפקדים ולוחמים צעירים בצה"ל, ראוי שיידעו כי עומדים בראשם מפקדים בכירים הראויים לכך. אנשי אמת המובילים אותם ברוח: 'ממני תראו - וכן תעשו'", מסרו בלשכת ברק והוסיפו: "צה"ל הוא גורם מרכזי וחשוב במדינת ישראל בין היתר משום שהוא צבא א- פוליטי, שנתון תמיד למרות הדרג המדיני, גם בתקופות קשות. זוהי מהותו של 'חוק יסוד - הצבא', וכך ראוי שיהיה".
"הדוח מחייב אותנו לבצע בדק בית יסודי"
"דוח המבקר מחייב אותנו לבדק בית יסודי כדי להבטיח שערכי צה"ל ימשיכו להיות ערכי אמת נקיים גם בדורות הבאים, וכן בכדי לוודא שהצבא איתן, מקבל באופן מוחלט את מרות הדרג המדיני, ושערכיה הדמוקרטיים של מדינת ישראל ימשיכו להישמר", אמרו במשרד הביטחון.
בעניין התייחסותו האישית של ברק לטיוטת המסמך ציינו בלשכתו כי "שר הביטחון מאמין ומקווה כי הדוח המלא יאפשר השלמת כל הנדרש לתיקון המצב, מיותר לומר כי ככל שישנן בטיוטה התייחסויות הקשורות למשרד הביטחון או לשר הביטחון, הוא מקבל אותן, כפי שנהג בעבר, ויפעל לתיקונן במהרה".
"שר הביטחון הבהיר גם כי מקריאה ראשונה של הדוח, אין לו (במידה מסוימת לצערו) סיבה לחזור בו מאף מילה שאמר בפומבי (או בחדר סגור) בעניין הפרשה הזאת", הוסיפו.
אשכנזי: "בכוונתי להגיב עם פרסום הדוח המלא"
הרמטכ"ל לשעבר רא"ל גבי אשכנזי שקיבל לידיו את טיוטת הדוח מוקדם יותר, בחר שלא להתייחס באופן רשמי לתוכן הטיוטה. אשכנזי ציין כי "במשך 40 שנה בדיוק לבשתי את מדי צה"ל בגאווה, החל מחניך בפנימייה הצבאית ועד לתפקיד הרמטכל. אני גאה בשירותי זה. הקדשתי את חיי לבטחון ישראל ואני גאה על תרומה זו. צר לי שנקלעתי שלא בטובתי באמצע שליחותי כרמטכ"ל למתקפה חסרת תקדים".
"צה"ל והרמטכ"ל הם גופים מבוקרים ומן הראוי שהאירוע לו היינו עדים לפני שנתיים בין שר הבטחון ולשכתו לבין הרמטכ"ל ולשכתו לא ישנה עוד בעתיד, הן על ידי הפנמת לשון הביקורת ורוחה בכל הצדדים והן באמצעות קביעת פקודות ונהלים ברורים בתחומים שאינם מוגדרים דיים", אמר אשכנזי והוסיף: "בכוונתי להגיב בצורה שקולה ועניינית למבקר המדינה וצוותו על חלקים בטיוטת הדוח כמתבקש ועל פי הנהלים".
"למקרא התגובה של ברק נראה כי הוא, ראש מטהו ודובריו הספיקו לקרוא לעת עתה רק את החלק בדו"ח הנוגע אלי בתפקידי כרמטכ"ל וטרם הספיקו לקרוא את הדוח אודות ברק ולשכתו", ציין אשכנזי.