מזכירת המדינה האמריקנית נפגשה הערב בירושלים עם ראש הממשלה בנימין נתניהו. בתום הפגישה, התייחסה קלינטון לנושא הגרעין האירני והמאמץ הבינלאומי למנוע נשק גרעיני מהרפובליקה השיעית. "אירן היום נתונה ללחץ גבוה מאי פעם, והוא ימשיך להתחזק כל עוד היא תתכחש להתחייבויותיה הבינלאומיות. למנהיגי אירן עדיין יש את היכולת לבחור בהחלטה הנכונה. אנחנו נשתמש בכל סוגי הכוח שברשותנו כדי למנוע מאירן להשיג נשק גרעיני".
קלינטון אף התייחסה לנושא של תקיפה ישראלית אפשרית של מתקני הגרעין באירן. "דנו בצעדים ספציפיים שניתן לנקוט בהם כדי להגביר את הלחץ על אירן. ארה"ב וישראל בוחנות את המצב, בעיקר בשל העובדה שאירן לא ממלאת את התחייבויותיה לסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית ולמועצת הביטחון".
לישראל הגיעה קלינטון ממצרים, שם נועדה לראשונה עם הנשיא המצרי החדש, מוחמד מורסי. בפגישות שקיימה בירושלים קראה לפעול לסיור המשבר החריף ביחסים עם טורקיה, שפרץ בעקבות אירועי ההשתלטות על ספינת המשט לעזה "מאווי מרמרה".
קלינטון אמרה כי המשבר ביחסים בין אנקרה לבין ירושלים "תוקע מקל בגלגלים" של הניסיונות בוושינגטון לגבש קואליציה במזרח התיכון, והאשימה כי המצב מסב "נזק אסטרטגי אדיר" שמקשה, בין היתר, על הניסיונות לבידוד אירן ומאפשר לגורמי טרור שונים, דוגמת אל-קעידה, להרים את ראשיהם בסדק שנוצר בין שתי המדינות.
נוסף על כך, הציעה קלינטון שישראל תמלא אחר דרישת ראש ממשלת טורקיה, רג'פ טאיפ ארדואן, על הרג הפעילים שהיו על סיפון ספינת המשט – כפי שעשו האמריקנים כשהביעו צער על הרג חיילים בפקיסטן על ידי כוחות צבאם. אלא שבינתיים, נראה כי לא תחול התקדמות בזירה זו – שכן הן בישראל והן בטורקיה ממשיכים להתבצר בעמדות הנוכחיות.