עשרה ימים לאחר שהורד משם במהלך הפגנה סוערת, חזר דגל ישראל להתנופף מעל השגרירות בקהיר. מי שאחראים לחזרתו של הדגל אלו גורמים דיפלומטים במשרד החוץ, שהפעילו לחץ כביר על הגורמים המקבילים במצרים וכך למעשה התאפשר להניף את הדגל בבירה המצרית.
בתחילה, סירבו במצרים לאפשר לישראל להניף את הדגל מעל השגרירות בטענה כי הם אינם יכולים לאבטח אותו - אך שר החוץ ליברמן הורה להתעקש בסוגיה ואפילו גייס לעזרתו את האמנה הדיפלומטית המחייבת התנהלות סבירה של שגרירות, ובכלל זה הנפת דגל.
בסופו של דבר ההתעקשות השתלמה והדגל הונף בקהיר, זאת למרות שבניין השגרירות עצמו נסגר בעקבות ההפגנות הסוערות לאחר מותם של שלושה אנשי ביטחון מצרים בפיגוע הטרור בדרך לאילת. עדיין לא ברור מתי השגרירות תחזור לפעילות סדירה.