3 השעות האחרונות של הפינוי היו השעות האלימות ביותר, כל מה שניסו להימנע ממנו באמצעות משא ומתן ארוך ופינוי רגיש התפרץ. כמה עשרות צעירים - מרביתם לא מתנחלי עמונה- התבצרו בבית הכנסת, תקפו את השוטרים באבנים, מוטות ברז, חומצה וריססו צלבי קרס וכתובות "מוות לציונים". ארדן בתגובה: "חוליגנים שמבזים את היהדות"