המועמד הראשון לנשיאות ארה"ב שהותקף בשל אמונותיו הדתיות היה תומאס ג'פרסון, במהלך מסע הבחירות נגד הנשיא המכהן ג'ון אדאמס בשנת 1800. אנשי דת מצפון ארה"ב סימנו את ג'פרסון לא רק כדאיסט (השקפת עולם המכירה בקיומו של כוח עליון בהתבסס על היגיון ולא על אמונה), אלא גם כאתאיסט וכופר. (מקור)
ג'פרסון לא סתר את השמועות ומבחינתו דת הייתה עניין אישי לחלוטין ולא עניין חברתי. בניגוד למונרכיה האירופית ממנה התנתקו המושבות האמריקניות, מוסד הנשיאות בארה"ב חילוני לחלוטין ועד היום היסטוריונים מנסים לחשוף את תפיסותיו הדתיות של ג'פרסון, שניסח בפועל את הצהרת העצמאות של ארה"ב, באמצעות ניתוח כתביו.
הטקסטים החשובים ביותר של הנשיא האמריקני השלישי נמצאים במוזיאון הלאומי להיסטוריה אמריקנית של הסמית'סוניאן, בתוך ספר קטן המכונה "הברית החדשה של ג'פרסון". את הספר יצר נשיא ארה"ב בשנים 1819-1820 לאחר שפרש מהחיים הציבוריים, מכמה עותקים של הברית החדשה.
ג'פרסון גזר והדביק את הטקסטים לפי סדר חדש שהוא כינה "חייו ומידותיו של ישו". הוא בחר קטעים מכל ארבע הבשורות כדי ליצור את הביוגרפיה של ישו והכליל את מסריו לאנושות ומשלים רבים. ג'פרסון השמיט כל מה שלא נראה לו הגיוני כמו ניסים (הלחם והדגים, למשל) או כל דבר שרמז לכך שישו עצמו היה אלוהי (כמו תחיית המתים).
ג'פרסון יצר את העותק הזה לעצמו, מתוך האמונה שקטעים רבים בברית החדשה פורשו לא נכון על ידי תלמידיו של ישו ולאחר מכן על ידי הכנסיה. ככל הידוע הוא לא התכוון לפרסם את הספר או אפילו להראות אותו למשפחתו ולחבריו ואחת הסיבות לכך הייתה ככל הנראה ניסיונו המר עם הביקורת הציבורית על רקע דתי.
"אני אף פעם לא הולך לישון לפני שאני קורא משהו מוסרי", אמר פעם לעיתונאי הנשיא שספרייתו כללה חומרים פילוסופיים רבים. במשך 50 שנה אסף ג'פרסון ספרים במגוון תחומים בהם פילוסופיה, מדעים, היסטוריה, ספרות וספרים בשפות שונות. בשנת 1814 נשרף אוסף הספרים המקורי של ספריית הקונגרס, שהכיל כ-3000 כרכים, ושנה לאחר מכן ג'פרסון מכר להם במקום את הספרייה שלו, שהיוותה את הבסיס לספרייה הנוכחית.
לפי מצב העמודים של התנ"ך האלטרנטיבי, וכמות אוזני החמור, ניתן לשער שג'פרסון הרבה לקרוא בו. לאחר מותו נותר הספר בידי משפחתו ולקראת סוף המאה ה-19 הסמית'סוניאן איתר ורכש אותו עבור הספרייה הלאומית. הספר הוצג לראשונה בתערוכת הכותנה שנערכה באטלנטה בשנת 1895 וכמה שנים לאחר מכן הקונגרס האמריקני הזמין העתקים ממנו כדי להפיץ לנבחרי הציבור בשני הבתים.
המקור עדיין מוצג במוזיאון אך עם הזמן מצבו הדרדר ובזכות עבודה מדוקדקת ומאומצת המוזיאון הצליח להציל את הספר מהתפוררות. כיום הספר מוצג יחד עם הבשורות מהן ג'פרסון גזר את הקטעים, ואין עוררין שזו עבודתו יוצאת הדופן ביותר של הנשיא, שפרצופו חצוב בהר ראשמור. מעבר לחשיבות ההיסטורית, התנ"ך של ג'פרסון מספק הצצה לתפיסות והכוחות שעיצבו את ארה"ב בחיתוליה. היום הוא בחיים לא היה נבחר.