המאגר הביומטרי אמור לשים קץ לתופעת גניבת הזהויות, אולם מאידך הוא גרר ביקורת רבה מצד ארגוני זכויות אזרח בשל הפגיעה בפרטיות לכאורה והחשש מפריצה למאגר הביומטרי וזליגת המידע לגורמים עוינים.
בחודש יוני אשתקד אושרה הקמתו של מאגר ביומטרי בישראל. שלב הפיילוט של המאגר, שההצטרפות אליו תהיה וולונטרית, התחיל כבר בנובמבר, אך כאשר תקופת הפיילוט תסתיים - ב-31 באוקטובר 2013 לפי התכניות - ייאלצו כל אזרחי המדינה למסור את טביעות האצבע ותווי הפנים שלהם לטובת המאגר המודרני.
כידוע, מידע ממרשם האוכלוסין האזרחי כבר נגנב והופץ באינטרנט, מה שהמציב בקדמת הבמה את הסכנות האורבות לכל אזרח במדינה עם הקמתו של המאגר הביומטרי. הפריצה הלילה של ההאקרים הסעודים רק מגבירה את החששות מהמאגר הביומטרי.
לפי הדיווח ב"מעריב", 4 חברות זרות - בהן חברה אירית בשם דאון וחברה צרפתית בשם מורפו. בינואר הודיעה רשות האוכלוסין כי דאון ניצחה במכרז אולם במורפו סירבו לקבל את ההחלטה ועתרו לביהמ"ש בטענה כי היו כשלים במכרז ולכן יש לבטלו, כמו למשל שדאון קיבלה מידע רב ערך מנציגי ועדת המכרזים באחד מלשבי המכרז האחרונים.
מהרשות לניהול המאגר הביומטרי נמסר בתגובה: "חשוב להבהיר שהמכרז לא בוטל אולם מאחר שהסוגיה עדיין נמצאת בהליך משפטי אין זה ראוי ומכובד לדון בפרטיה בתקשורת. כך או כך, ההליך המשפטי לא מעכב את התקדמות הפרויקט והרשות ערוכה מבחינה טכנולוגית באופן מלא להתחלת הפרויקט".