עוד על פי כתבה אישום, קליגר העביר בקשה לראש המשלחת אפרים זינגר שלא לחזור לישראל עם משלחת השייט, אך בקשתו סורבה בנימוק שבהיותו חבר משלחת ישראל הוא מחוייב לחזור עם הצוות לארץ במועד שנקבע. למרות הכל, למפגש בכפר האולימפי לפני היציאה לנתב"ג הגיע קליגר ללא מזוודות וענה כי השאיר את חפציו ואת דרכונו באתר השייט, מכיוון שהבין כי יוכל לחזור לארץ יומיים לאחר מכן.
במקום התפתח ויכוח בין ראש משלחת השייט , יו"ר איגוד השייט יהודה מעיין, וגידי קליגר . מעיין טען כי הספורטאי פעל על דעת עצמו, בניגוד מוחלט לדרישת ראש המשלחת ללונדון ואישור איגוד השייט. זינגר פעל מידית להסדרת טיסה חזרה לקליגר ליום 13.8 יחד עם חברי משלחת נוספים והורה לקליגר לחזור לארץ בטיסה הזאת. במענה לכך, השיב קליגר כי הוא אינו רואה עצמו חלק מהמשלחת האולימפית וכי אינו רואה עצמו מחוייב למלא אחר הנחיותיה.
יצויין כי כמו כל יתר חברי המשלחת, קליגר חתם על כללים המחייבים את כל חברי המשלחת במסגרת אמנת הספורטאים החברים במשלחת ישראל למשחקים האולימפיים בלונדון, ולפיה התחייב לפעול בהתאם הנחיות ראש המשלחת ולעזוב את המתחם בתאריכים ובאופן שיקבע או יאושר על ידי הוועד האולימפי או כפי שיורה לו ראש המשלחת. קליגר יועמד לדין משמעתי בגין שלוש עבירות המיוחסות לו: התנהגות שאינה הולמת, ביזוי מוסדות ואו ממלאי תפקידים והפרת חובה ואי קיום הוראה מחייבת.
תגובתו של גידי קליגר: "מעולם לא אמרתי שאני לא חלק מהנבחרת האולימפית. קיבלתי אישור מיו"ר איגוד השייט, יהודה מעיין, ומגור שטיינברג לא לחזור לישראל עם כל הנבחרת כי רציתי לנסוע לצרפת. הם אישרו את הדברים, אבל פתאום אני שומע שיהודה מעיין טוען שהוא לא שמע את הבקשה שלי. מעיין ממציא דברים נגדי, אני לא יודע מה האינטרסים שלו. זינגר היה בשוק כשאמרתי לו שאני לא חוזר איתם לארץ. הוא צעק עליי מול הספורטאים, הייתי בהלם. יהודה מעיין לא עדכן אותו בכלום והוא זה שאישר את הנסיעה שלי. אני לא מוכן שיוציאו לי שם רע".
יהודה מעיין הגיב לדבריו של קליגר: "הוא מעולם לא ביקש ממני דבר שכזה ומעולם לא אישרתי את זה. הוועד האולימפי העמיד אותו לדין בלי קשר אם הוא שייט טוב או לא. אני לא מבין למה הוא נהיה שפן. הוא לא יכול להודיע למנכ"ל הוועד האולימפי מתי הוא חוזר ומתי לא. הוא לא סיכם איתי שום דבר ואני לא קשור לזה. מבחינתי, זה בסדר שהוא עולה לוועדת משמעת".
