המאמן הארגנטינאי הוליך העונה את בילבאו לגמר הליגה האירופית בו נוצחה בסופו של דבר על ידי אתלטיקו מדריד בדרבי כל-ספרדי. למרות זאת הבאסקים עברו בדרך קבוצות בכירות כמו מנצ'סטר יונייטד תוך הצגת כדורגל התקפי וסוחף.
למרות דיווחים שקשרו את שמו של ביילסה למשרת מאמן צ'לסי בסופו של דבר הארגנטינאי בחר לחתום על ההסכם החדש בין הצדדים שיהיה בתוקף עד ה-30 ביוני 2013. במהלך העונה האחרונה קידם לא מעט צעירים מוכשרים ביניהם איקר מוניאין, אוסקר דה מרקוס, אנדר הררה ואנדר איטורספה.
את העונה בספרד סיימה בילבאו רק במקום ה-10, כאשר ההתמקדות בליגה האירופית גרמה לכושר רע של הבאסקים במסגרת הליגה, שלא השפיע בסופו של דבר על המשך ההתקשרות על ביילסה.